Kê khai bổ sung thuế GTGT là quy trình quan trọng giúp doanh nghiệp điều chỉnh sai sót trong tờ khai thuế đã nộp trước đó. Việc thực hiện đúng quy định sẽ giúp doanh nghiệp tránh bị xử phạt và đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế. Trong bài viết này, hãy cùng AZTAX tìm hiểu chi tiết về cách kê khai bổ sung thuế GTGT đúng chuẩn và những lưu ý quan trọng. Cùng khám phá ngay!
1. Quy định về kê khai bổ sung điều chỉnh thuế GTGT

Luật quản lý thuế
Trước ngày 01/01/2025, thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 như sau:
Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.
3. Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế được quy định như sau:
a) Người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này;
b) Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
4. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:
a) Tờ khai bổ sung;
b) Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.
5. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.
Từ ngày 01/01/2025 trở đi thực hiện theo quy định tại khoản 6, điều 6 của Luật sửa đổi, bổ sung số: 56/2024/QH15 (Ban hành ngày 29 tháng 11 năm 2024, có hiệu lực từ ngày 01/01/2025) như sau:
Điều 6. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế
6. Sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản của Điều 47 như sau:
a) Sửa đổi, bổ sung khoản 1 như sau:
“1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:
a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.”;
b) Bãi bỏ khoản 2 và khoản 3.
Vậy là: Từ ngày 01/01/2025 trở đi thì việc kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế được thực hiện như sau:
1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:
a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
4. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:
a) Tờ khai bổ sung;
b) Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.
5. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan.
Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế
Theo khoản 4, Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP thì:
Điều 7. Hồ sơ khai thuế
…
4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:
a) Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.
Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai, sót tương ứng.
b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
…
2. Tổng quan về việc kê khai bổ sung điều chỉnh thuế GTGT

2.1 Khi nào cần thực hiện tờ khai điều chỉnh, bổ sung thuế GTGT?
Sau khi doanh nghiệp đã nộp tờ khai thuế GTGT và nhận được thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế từ cơ quan thuế (thường được gửi qua email), nếu phát hiện có sai sót hoặc nhầm lẫn trong tờ khai đã nộp, doanh nghiệp cần lập tờ khai điều chỉnh, bổ sung để gửi lại cho cơ quan thuế nhằm sửa đổi thông tin không chính xác.
Ví dụ minh họa:
- Ngày 20/04/2025, Công ty Kế Toán ABC đã hoàn tất việc nộp tờ khai thuế GTGT lần đầu của quý 1/2025 qua hệ thống điện tử và nhận được thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế từ cơ quan thuế vào ngày 21/04/2025.
Đến 25/04/2025, Công ty Kế Toán ABC phát hiện có sai sót trong tờ khai thuế GTGT đã nộp. Trong trường hợp này, công ty cần lập tờ khai điều chỉnh, bổ sung để chỉnh sửa nội dung sai và gửi lại cơ quan thuế nhằm đảm bảo số liệu kê khai chính xác.
Việc thực hiện tờ khai điều chỉnh kịp thời giúp doanh nghiệp tránh rủi ro về thuế, hạn chế bị xử phạt do kê khai sai và đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật.
2.2 Thời hạn kê khai điều chỉnh, bổ sung tờ khai thuế GTGT có sai sót
Theo khoản 6, điều 6 của Luật sử đổi, bổ sung số: 56/2024/QH15 thì: Doanh nghiệp được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:
- Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;
- Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
2.3 Hồ sơ khai bổ sung tờ khai thuế GTGT bao gồm
Khi doanh nghiệp phát hiện sai sót trong tờ khai thuế GTGT đã nộp, cần chuẩn bị các tài liệu sau để thực hiện điều chỉnh:
- Tờ khai bổ sung (trường hợp có thay đổi nghĩa vụ thuế).
- Bản giải trình khai bổ sung kèm theo các tài liệu liên quan để làm rõ nội dung điều chỉnh.
Lưu ý quan trọng: Nếu việc khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế (không ảnh hưởng đến số thuế phải nộp hoặc được khấu trừ), doanh nghiệp chỉ cần nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu liên quan, không cần nộp Tờ khai bổ sung.
3. Hướng dẫn kê khai bổ sung thuế GTGT trên phần mềm HTKK

Dưới đây là hướng dẫn cách kê khai bổ sung và điều chỉnh thuế GTGT trên phần mềm HTKK khi phát hiện sai sót trong tờ khai:
Bước 1: Truy cập phần mềm HTKK
- Mở phần mềm HTKK và chọn loại tờ khai thuế GTGT mà bạn đã kê khai sai. Ví dụ, nếu sai tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT (theo TT 80/2021), bạn chọn mục “Thuế Giá trị gia tăng” và tờ khai mẫu 01/GTGT (TT 80/2021).
Bước 2: Chọn kỳ kê khai sai
- Chọn kỳ mà tờ khai thuế bị sai. Ví dụ: nếu bạn làm sai tờ khai thuế của kỳ quý 1/2024, bạn sẽ chọn quý 1/2024 để thực hiện điều chỉnh bổ sung.
Bước 3: Lựa chọn trạng thái và số lần bổ sung
- Chọn trạng thái tờ khai là “Tờ khai bổ sung” khi bạn cần nộp lại tờ khai của kỳ tính thuế đó.
- Xác định số lần khai bổ sung (lần đầu tiên sẽ là lần 1, lần thứ hai là lần 2, v.v.).
- Kiểm tra lại ngày lập tờ khai bổ sung, đảm bảo ngày không vượt quá hạn nộp tờ khai chính thức cộng thêm 10 năm và không lớn hơn ngày hiện tại.
Bước 4: Nhấn “Đồng ý” để tiếp tục
- Sau khi lựa chọn các thông tin cần thiết, bấm “Đồng ý” để tiến vào phần điều chỉnh tờ khai.
Bước 5: Điều chỉnh tờ khai
- Phần mềm sẽ tự động lấy dữ liệu từ tờ khai gần nhất trong cùng kỳ tính thuế làm dữ liệu mặc định. Bạn sẽ tiếp tục điều chỉnh tờ khai theo cách thay thế, và phần mềm sẽ tự động tính toán các chỉ tiêu cần điều chỉnh.
Bước 6: Nhập mã giao dịch điện tử
- Tại tab “01-KHBS”, bạn nhập mã giao dịch điện tử liên quan đến tờ khai bổ sung.
Bước 7: Nhấn “Tổng hợp KHBS”
- Sau khi nhập đủ thông tin, bấm “Tổng hợp KHBS” để tiến hành tổng hợp kết quả kê khai bổ sung.
Bước 8: Xác nhận kết quả kê khai điều chỉnh
- Kiểm tra lại kết quả kê khai điều chỉnh và đảm bảo tất cả thông tin là chính xác.
Bước 9: Cung cấp lý do điều chỉnh
- Điền lý do điều chỉnh trong phụ lục 01-1/KHBS để giải thích các thay đổi.
Bước 10: Ghi và kết xuất XML
- Nhấn “Ghi” để lưu thông tin, sau đó kết xuất tệp XML và gửi tờ khai bổ sung qua mạng.
Bước 11: Nộp số tiền thuế tăng thêm và phạt chậm nộp
- Cuối cùng, nộp số tiền thuế tăng thêm và các khoản phạt nếu có.
Với các bước trên, việc kê khai bổ sung thuế GTGT trên phần mềm HTKK trở nên dễ dàng và chính xác hơn.
Tóm lại, việc hiểu rõ kê khai bổ sung thuế GTGT không chỉ giúp doanh nghiệp sửa chữa các sai sót trong các tờ khai trước đó mà còn đảm bảo việc tuân thủ các quy định thuế. Điều này giúp tránh những phạt vi phạm không đáng có và cải thiện tình hình tài chính của doanh nghiệp. Nếu bạn có thắc mắc hoặc cần hỗ trợ chi tiết về việc kê khai bổ sung thuế GTGT, hãy liên hệ ngay với AZTAX qua HOTLINE: 0932 383 089 để nhận tư vấn chuyên sâu!