Nộp thuế sai cơ quan quản lý thu là lỗi thường gặp ở nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là khi thay đổi địa chỉ trụ sở hoặc phát sinh nghĩa vụ thuế ngoài địa bàn quản lý. Tuy không gây thất thoát ngân sách, nhưng lỗi này có thể khiến doanh nghiệp bị xác định là chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế, ảnh hưởng trực tiếp đến việc khấu trừ, hoàn thuế, hoặc bị xử phạt hành chính. Bài viết dưới đây của AZTAX sẽ giúp bạn hiểu rõ nguyên nhân, hệ quả và cách xử lý khi nộp sai cơ quan thu, tránh phát sinh rủi ro không đáng có.
1. Nộp thuế sai phải xử lý như thế nào?

1.1 Sai sót bởi Ngân hàng
Khi người nộp thuế phát hiện thông tin trên chứng từ nộp thuế bị sai do lỗi từ phía Ngân hàng (ví dụ: ghi sai tiểu mục, mã cơ quan thu…), cần thực hiện theo quy trình sau:
Bước 1: Người nộp thuế lập văn bản đề nghị điều chỉnh, gửi đến Ngân hàng đã thực hiện giao dịch, yêu cầu cập nhật lại nội dung nộp thuế cho đúng với thực tế phát sinh.
Bước 2: Người nộp thuế cần liên hệ với cơ quan thuế để thông báo về sai sót và phối hợp kiểm tra.
Bước 3: Xem quá trình giải quyết sai sót của Ngân hàng để đảm bảo thông tin được sửa lại đúng.
1.2 Nếu sai sót bởi người nộp thuế ( cùng năm tài chính)
Khi phát hiện lỗi sai trong việc nộp thuế do chính người nộp thuế gây ra trong năm tài chính hiện tại, cần thực hiện như sau:
- Bước 1: Chuẩn bị công văn tra soát theo mẫu 01/TS – ban hành theo Thông tư 80/2021/TT-BTC để gửi đến cơ quan thuế.
- Bước 2: Gửi văn bản này đến cơ quan thuế đang quản lý khoản thu ngân sách đã nộp sai để yêu cầu điều chỉnh lại thông tin.
- Bước 3: Có thể đính kèm theo bản sao chứng từ nộp ngân sách nhà nước hoặc các tài liệu liên quan để chứng minh nội dung cần điều chỉnh (nếu có).
1.3. Khi nào được gửi đề nghị tra soát, điều chỉnh thông tin nộp NSNN
Dựa trên quy định điều 69 Thông tư 80/2021/TT-BTC, các tình huống được phép lập văn bản đề nghị tra soát như sau:
Trường hợp sai, sót, tra soát, điều chỉnh thông tin thu, nộp ngân sách nhà nước (sau đây gọi chung là tra soát)
…..
b) Người nộp thuế phát hiện thông tin đã khai trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước không chính xác. Người nộp thuế chỉ được đề nghị điều chỉnh các chứng từ nộp ngân sách đáp ứng các điều kiện sau:b.1) Chứng từ nộp ngân sách của năm trước nhưng đề nghị điều chỉnh vào năm sau chỉ được điều chỉnh trong thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách.
b.2) Không đề nghị điều chỉnh thông tin về tổng số tiền, loại tiền trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước.
b.3) Không thuộc trường hợp gửi văn bản đề nghị bù trừ khoản nộp thừa hoặc đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 25 và Điều 42 Thông tư này.
Nếu sai sót phát sinh và được phát hiện trong cùng năm tài chính: người nộp thuế có thể lập và gửi văn bản đề nghị tra soát để điều chỉnh.
Nếu chứng từ thuộc năm tài chính trước nhưng sai sót chỉ mới được phát hiện:
Việc tra soát chỉ được chấp nhận nếu còn nằm trong khoảng thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách, thường kéo dài đến hết ngày 31/01 của năm sau (tùy từng quy định của Kho bạc).
Không được phép điều chỉnh thông tin liên quan đến tổng số tiền hoặc loại tiền tệ (VND, USD) đã ghi trên chứng từ.
Lưu ý đặc biệt:
- Thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách thường kết thúc vào ngày 31/01 của năm kế tiếp, tuy nhiên tùy theo từng địa phương hoặc kho bạc, thời gian này có thể được kéo dài.
2. Trường hợp nào được lập thư tra soát

Căn cứ Điều 69 Thông tư 80/2021/TT-BTC, người nộp thuế có thể gửi văn bản tra soát khi gặp các tình huống sau:
Dữ liệu giữa cơ quan thuế và người nộp thuế không trùng khớp
Thông tin cập nhật nếu xảy ra sai sót sẽ có quyền tra soát để kiểm tra bởi người nộp thuế.
Thông tin từ phía cơ quan thuế bao gồm:
- Các khoản đã nộp, còn phải nộp, nộp thừa
- Các khoản được miễn, giảm, xóa nợ hoặc hoàn thuế
- Số dư được hoàn của các tháng trước.
Chứng từ nộp NSNN có sai lệch thông tin
Người nộp có thể yêu cầu chỉnh sửa nội dung sai của chứng từ nộp ngân sách nhà nước với điều kiện như sau:
- Chứng từ thuộc năm trước chỉ được điều chỉnh trong thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách và trước ngày 31/01 của năm kế tiếp.
- Không được đề nghị điều chỉnh về tổng số tiền hoặc loại tiền tệ (VND, USD).
- Không áp dụng cho các trường hợp bù trừ nộp thừa hay hoàn thuế đã quy định tại Điều 25 và Điều 42 của Thông tư này.
3. Hướng dẫn lập thư tra soát theo thông tư 80/2021
3.1 Thực hiện tra soát online trên Cổng thuế điện tử
Bước 1: Truy cập vào trang web thuedientu.gdt.gov.vn, sử dụng tài khoản quản lý mã số thuế (MST-QL) để đăng nhập hệ thống.
Bước 2: Tại giao diện chính, chọn mục “Nộp thuế”, sau đó tiếp tục chọn “Lập hồ sơ đề nghị tra soát” → “Chứng từ nộp thuế” để bắt đầu quy trình tạo thư tra soát.

Bước 3: Tìm chứng từ cần tra soát theo:
- Khoảng thời gian (từ ngày – đến ngày)
- Hoặc theo số tham chiếu (nếu có)
tìm chứng từ
Sau khi chọn được chứng từ cần tra soát → bấm Hoàn thành → hệ thống sẽ tự động hiển thị thông tin liên quan để kiểm tra.
Lưu ý: Trường hợp thanh toán qua ngân hàng hoặc Kho bạc Nhà nước, người nộp thuế cần chuẩn bị Giấy nộp tiền vào NSNN để đối chiếu và nhập đúng các thông tin
Bước 4: Tại mục Nội dung đề nghị điều chỉnh, cập nhật lại các thông tin sai:
- Ví dụ: Sai tiểu mục → chọn đúng tiểu mục; sai cơ quan thu → chọn đúng cơ quan thu.
- Không được phép thay đổi tổng số tiền đã nộp và đồng tiền sử dụng (VND, USD) trên chứng từ.
Điền thông tin
Bước 5: Ghi rõ lý do đề nghị tra soát, ví dụ: nộp nhầm tiểu mục, sai cơ quan thu,…
Bước 6: Đính kèm tài liệu liên quan (nếu có), như:
- Bản sao chứng từ nộp NSNN
- Tài liệu đính kèm (nếu có)
Đính kèm tài liệu
Bước 7: Nhấn “Hoàn thành”, chọn “Ký số” → bấm “Ký và nộp” để gửi hồ sơ.
Bước 8: Bấm Kết thúc
Bước 9: Truy cập mục “Tra cứu hồ sơ tra soát” → chọn thời gian lập hồ sơ → kiểm tra kết quả phản hồi.
Bước 10: Nhận phản hồi từ cơ quan thuế:
- Trong thời hạn 03 ngày làm việc (với tra soát loại 1) hoặc 05 ngày làm việc (với loại 2), người nộp thuế sẽ nhận Thông báo chấp thuận hoặc từ chối điều chỉnh theo Mẫu 01/TB-TS.
- Nếu hồ sơ chưa đủ thông tin, cơ quan thuế sẽ yêu cầu bổ sung qua Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
3.2 Nộp hồ sơ tra soát trực tiếp hoặc qua bưu điện
Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ gồm:
- Văn bản đề nghị tra soát theo mẫu 01/TS (Phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC)
- Tài liệu kèm theo (nếu có): bản sao chứng từ nộp NSNN hoặc văn bản liên quan
Bước 2: Nộp hồ sơ đến cơ quan thuế qua trực tiếp hoặc bưu điện, tùy hình thức thuận tiện.
Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và xem xét tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ. Nếu thiếu, sẽ hướng dẫn bổ sung.
- Nếu hợp lệ, sẽ tiếp nhận
- Nếu thiếu, sẽ hướng dẫn bổ sung
Bước 4: Phản hồi kết quả:
Trong vòng 03 ngày làm việc (loại 1) hoặc 05 ngày làm việc (loại 2) tính từ ngày nhận đủ hồ sơ, người nộp thuế sẽ nhận được:
- Mẫu 01/TB-TS: Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận điều chỉnh.
- Mẫu 01/TB-BSTT-NNT: Thông báo yêu cầu bổ sung hồ sơ, tài liệu.
4. Những lỗi sai thường gặp khi nộp thuế

Trong quá trình kê khai và nộp thuế, doanh nghiệp thường gặp phải một số sai sót cơ bản sau:
Nhập sai mã số thuế
Mã số thuế là căn cứ để xác định người nộp thuế. Việc nhập sai mã số thuế có thể khiến khoản tiền đã nộp không được hệ thống nhận diện đúng, dẫn đến tình trạng người nộp thuế dù đã hoàn thành nghĩa vụ nhưng vẫn bị xác định là chưa nộp.
Ghi sai mã tiểu mục
Mã tiểu mục dùng để phân loại cụ thể từng loại thuế (GTGT, TNCN, TNDN…). Nếu điền sai thông tin, khoản tiền nộp sẽ xảy ra sai sót:
- Thừa ở nơi không có nghĩa vụ thuế
- Thiếu ở tiểu mục thực tế cần nộp
Điều này gây ra mất cân đối nghĩa vụ thuế, dù tổng số tiền đã nộp vẫn đủ.
Sai thông tin cơ quan thuế hoặc kho bạc
Mỗi người nộp thuế thuộc quản lý của một cơ quan thuế và kho bạc cụ thể. Nếu ghi sai:
- Tiền nộp không được cập nhật kịp vào hệ thống quản lý của cơ quan thuế quản lý chính
- Dễ bị xác định là chưa hoàn thành nghĩa vụ, kéo theo nguy cơ bị phạt chậm nộp.
Nộp thuế sai cơ quan quản lý thu không chỉ gây chậm trễ trong việc ghi nhận nghĩa vụ thuế mà còn ảnh hưởng đến uy tín và hoạt động tài chính của doanh nghiệp. Để tránh rơi vào tình huống không mong muốn này, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ thông tin trước khi nộp và nắm rõ quy định liên quan. Nếu bạn cần hỗ trợ các vấn đề về thuế, đừng ngần ngại liên hệ với AZTAX qua HOTLINE: 0932.383.089 để được tư vấn.