Hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu có phải là quyền lợi mọi doanh nghiệp đều được hưởng? Đây là thắc mắc chung của nhiều đơn vị khi nhập khẩu hàng hóa. Chính sách này giúp giảm áp lực tài chính, nhưng không phải ai cũng đủ điều kiện. Vậy, doanh nghiệp cần đáp ứng những gì để được hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu? Hãy cùng AZTAX tìm hiểu nhé!
1. Điều kiện hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu được quy định thế nào?
Năm 2025, Tổng cục Hải quan đã ban hành Công văn số 2269/TCHQ-TXNK nhằm hướng dẫn về thủ tục hải quan và quy trình hoàn thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu.
(1) Về thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
Theo khoản 1 Điều 7 Nghị định 09/2018/NĐ-CP quy định:
Điều 7. Thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa
1. Tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài đã có quyền xuất khẩu, được xuất khẩu: Hàng hóa mua tại Việt Nam; hàng hóa do tổ chức kinh tế đó đặt gia công tại Việt Nam và hàng hóa nhập khẩu hợp pháp vào Việt Nam ra nước ngoài và khu vực hải quan riêng….
Dựa trên các quy định hiện hành, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài, nếu đã được cấp quyền xuất khẩu, có thể xuất khẩu hàng hóa nhập khẩu hợp pháp vào Việt Nam ra nước ngoài hoặc khu vực hải quan riêng.
Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tham gia mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp (quyền xuất khẩu, nhập khẩu, phân phối…), việc tuân thủ Luật Quản lý ngoại thương 2017 và Nghị định 09/2018/NĐ-CP là bắt buộc.
(2) Về thủ tục hải quan, theo Điều 87 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, hồ sơ và quy trình đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của thương nhân nước ngoài có quyền xuất khẩu, nhập khẩu (trừ doanh nghiệp chế xuất) được quy định cụ thể. Do đó, doanh nghiệp cần căn cứ thực tế và đối chiếu với quy định để chuẩn bị hồ sơ, thực hiện thủ tục hải quan đúng quy định
(3) Về mã loại hình
Theo Quyết định 1357/QĐ-TCHQ ngày 18/5/2021 và Công văn 695/TCHQ-GSQL ngày 05/02/2021 của Tổng cục Hải quan, hàng hóa đã nhập khẩu (bao gồm hàng nhập khẩu theo quyền của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài), nếu xuất khẩu nguyên trạng, chưa qua sử dụng, gia công hay chế biến ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan, sẽ sử dụng mã loại hình B13 – xuất khẩu hàng đã nhập khẩu.
(4) Về hoàn thuế nhập khẩu
Theo điểm c khoản 1 và khoản 2 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, trường hợp hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất khi chưa qua sử dụng, gia công hoặc chế biến, người nộp thuế sẽ được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu.
Theo khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhưng phải tái xuất sẽ được hoàn thuế nhập khẩu và không phải chịu thuế xuất khẩu. Cụ thể:
Hàng nhập khẩu phải tái xuất ra nước ngoài, bao gồm trả lại chủ hàng, xuất khẩu ra nước ngoài hoặc đưa vào khu phi thuế quan để sử dụng tại đó. Việc tái xuất phải do chính người nhập khẩu ban đầu hoặc đơn vị được ủy quyền thực hiện.
Hàng nhập khẩu đã nộp thuế nhưng vẫn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và chịu sự giám sát hải quan được phép tái xuất.
Người nộp thuế phải kê khai trung thực trên tờ khai hải quan về hàng hóa tái xuất, bao gồm thông tin hợp đồng, đối tác mua hàng… Cơ quan Hải quan sẽ kiểm tra và xác nhận thông tin để xử lý hoàn thuế.
Hồ sơ hoàn thuế được thực hiện theo khoản 2 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi tại khoản 17, 18, 20 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
Ngoài ra, theo điểm b khoản 1 Điều 37a Nghị định 134/2016/NĐ-CP (bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP), hàng hóa thuộc diện không phải nộp thuế xuất khẩu theo Điều 34 sẽ không bị thu thuế. Hồ sơ miễn thuế thực hiện theo khoản 2 Điều 37a của Nghị định trên.
2. Các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu
2.1 Hàng nhập khẩu tiêu dùng trong nước
Đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ mục đích thương mại hoặc tiêu dùng nội bộ, doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT đầu vào theo quy định. Nếu đáp ứng điều kiện hoàn thuế, doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế theo quy trình hiện hành.
Để được hoàn thuế, doanh nghiệp cần đảm bảo các điều kiện sau:
- Có giấy phép đăng ký kinh doanh và giấy chứng nhận đầu tư hợp pháp.
- Đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
- Thực hiện ghi chép, lưu trữ sổ sách kế toán và chứng từ theo quy định pháp luật.
- Sở hữu tài khoản tiền gửi ngân hàng đứng tên doanh nghiệp.
2.2 Hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu được hoàn thuế gtgt hàng nhập khẩu
Theo Khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP, cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế trong các trường hợp:
“Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn.”
Do đó, nếu doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa rồi xuất khẩu hoặc không thực hiện xuất khẩu tại khu vực hải quan theo quy định, thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu sẽ không được hoàn.
2.3 Hàng nhập khẩu để sản xuất gia công hàng xuất khẩu
Để làm rõ, có thể xem xét từng trường hợp cụ thể như sau:
Trường hợp 1: Nhập khẩu nguyên liệu sản xuất, gia công xuất khẩu theo hợp đồng với bên nước ngoài
Khoản 20 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC quy định một số đối tượng không chịu thuế GTGT, bao gồm:
“20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.”
Như vậy, nếu doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu với đối tác nước ngoài, hàng hóa này thuộc diện không chịu thuế. Nếu đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, doanh nghiệp được hoàn lại khoản thuế đó. Khi xuất khẩu, nếu đã nộp thuế GTGT đầu ra, doanh nghiệp cũng được hoàn thuế tương ứng.
Trường hợp 2: Nhập khẩu nguyên liệu sản xuất, gia công xuất khẩu không theo hợp đồng với bên nước ngoài
Nếu nguyên liệu nhập khẩu không theo hợp đồng sản xuất, gia công với đối tác nước ngoài, hàng hóa này không thuộc diện miễn thuế. Doanh nghiệp vẫn phải kê khai và nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Khi xuất khẩu, thuế suất áp dụng là 0%, và doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu ra theo quy định.
2.4 Hàng nhập khẩu nộp thừa, nộp nhầm thuế được hoàn thuế gtgt hàng nhập khẩu
Tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa nếu đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu nhưng số thuế nộp lớn hơn số phải nộp hoặc thực tế không thuộc diện phải nộp, có thể được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Cụ thể:
- Trường hợp đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Số thuế nộp thừa hoặc nộp nhầm sẽ được tính vào thuế GTGT đầu vào để khấu trừ. Nếu hàng hóa nhập khẩu theo hình thức ủy thác, bên nhận ủy thác có quyền khấu trừ thuế.
- Trường hợp không đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Số thuế nộp thừa hoặc nộp nhầm sẽ được hoàn lại cho người nhập khẩu. Nếu nhập khẩu theo ủy thác, bên nhận ủy thác sẽ là đơn vị được hoàn thuế.
2.5 Hàng nhập khẩu tái xuất trả chủ hàng
Theo quy định của Tổng cục Hải quan, đối với doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT khi nhập khẩu nhưng sau đó xuất trả hàng cho chủ hàng, việc xử lý thuế GTGT thừa được quy định như sau:
- Đối với tờ khai xuất khẩu đăng ký trước ngày 01/07/2016: Cơ quan Hải quan sẽ xử lý số thuế GTGT nộp thừa theo đúng quy định tại Khoản 13 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13, cụ thể:
“1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế trong thời hạn mười năm, kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau; hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo; hoặc hoàn trả số tiền thuế gtgt hàng nhập khẩu, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.”
- Đối với tờ khai xuất khẩu đăng ký từ 01/07/2016 đến 01/02/2018: Doanh nghiệp không được hoàn thuế mà sẽ thực hiện khấu trừ thuế GTGT khi có đủ chứng từ gồm tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất trả, biên bản thỏa thuận trả hàng hóa, chứng từ nộp thuế GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Đối với tờ khai xuất khẩu đăng ký sau 01/02/2018: Cơ quan Hải quan sẽ xử lý theo cách tương tự như đối với các tờ khai đăng ký trước ngày 01/07/2016.
3. Hồ sơ hoàn thuế GTGT (VAT)
Hồ sơ hoàn thuế GTGT có thể thay đổi tùy thuộc vào từng trường hợp hoặc dự án đầu tư, kinh doanh. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng đối với các đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp và các cơ quan, tổ chức không trực tiếp lập báo cáo tài chính, phải có văn bản ủy quyền từ trụ sở chính khi thực hiện thủ tục hoàn thuế.
3.1 Hồ sơ hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu
Hồ sơ yêu cầu hoàn thuế bao gồm:
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT).
- Hợp đồng mua bán, gia công hàng hóa.
- Hóa đơn bán hàng/xuất khẩu/gia công.
- Tờ khai hải quan cho hàng hóa xuất khẩu.
- Chứng từ chứng minh đã hoàn tất thanh toán qua ngân hàng cho hàng hóa xuất khẩu.
Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp hoặc cơ sở kinh doanh thuộc một trong các trường hợp dưới đây, chi tiết và số lượng hồ sơ sẽ có sự thay đổi như sau:
Trường hợp ủy thác xuất khẩu và hợp đồng đã kết thúc: Mục 2 hồ sơ sẽ bao gồm:
- Hợp đồng ủy thác xuất khẩu.
- Biên bản thanh lý hợp đồng ủy thác xuất khẩu.
- Biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên ủy thác và bên nhận ủy thác xuất khẩu.
Trường hợp sau sẽ bỏ qua mục 3 hồ sơ:
- Kinh doanh xuất khẩu phần mềm dưới dạng điện tử.
- Hoạt động xây lắp công trình ở nước ngoài hoặc khu phi thuế quan.
- Cung cấp điện, nước, văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng cho doanh nghiệp chế xuất.
3.2 Hồ sơ hoàn thuế GTGT dự án đầu tư
Hồ sơ yêu cầu hoàn thuế bao gồm các tài liệu sau:
- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT).
- Tờ khai thuế GTGT (mẫu 02/GTGT).
- Bảng kê chứng từ, hóa đơn mua vào (mẫu 01-2/GTGT).
- Hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, và các tài liệu liên quan đến dự án đầu tư.
4. Hướng dẫn gửi mẫu đề nghị hoàn thuế GTGT (01/ĐNHT)
4.1 Thủ tục hoàn thuế GTGT
Thủ tục hoàn thuế GTGT có thể được thực hiện theo ba phương thức chính:
- Nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế.
- Gửi hồ sơ qua đường bưu điện.
- Nộp qua mạng/điện tử tại Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế.
Tuy nhiên, hiện nay, việc nộp đề nghị hoàn thuế GTGT chủ yếu thực hiện qua tài khoản thuế điện tử của doanh nghiệp. Bạn có thể lập đề nghị hoàn thuế GTGT theo hai cách: trực tiếp tại Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc qua hệ thống HTKK.
Để nộp đề nghị hoàn thuế GTGT qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, bạn thực hiện các bước như sau:
Bước 1: Gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Bước 2: Sau 15 phút kể từ khi hồ sơ được tiếp nhận, Cổng thông tin điện tử sẽ gửi thông báo tiếp nhận hồ sơ.
Bước 3: Trong 3 ngày làm việc kể từ khi gửi thông báo tiếp nhận, cơ quan thuế sẽ gửi quyết định hoàn thuế (nếu hồ sơ hợp lệ) hoặc yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (nếu hồ sơ không hợp lệ).
4.2 Thời hạn, quy trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT
- Trường hợp hồ sơ không hợp lệ: Trong 2 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo văn bản yêu cầu bổ sung hoặc điều chỉnh hồ sơ.
- Trường hợp hồ sơ hợp lệ:
- Trong 6 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế sẽ thông báo hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế GTGT, đồng thời yêu cầu cung cấp chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu để ra quyết định hoàn thuế.
- Trong 3 ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ, cơ quan thuế sẽ kiểm tra và đối chiếu với số liệu trong hồ sơ để ra quyết định hoàn thuế.
4.3 Thời hạn ban hành quyết định hoàn thuế GTGT
- Trong vòng 6 ngày làm việc đối với trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
- Trong vòng 40 ngày làm việc đối với trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
4.4 Nhận tiền hoàn thuế GTGT
Sau khi hoàn tất thủ tục và nhận quyết định hoàn thuế từ cơ quan thuế, tiền hoàn thuế sẽ được chuyển khoản vào tài khoản của doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan thuế (theo mẫu 08) hoặc có thể được bù trừ với các khoản nợ thuế của cơ quan nhà nước.
5. Câu hỏi thường gặp
5.1 Quy định về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đã phát sinh doanh thu?
Quy định về việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư đã phát sinh doanh thu được quy định như sau:
- Số thuế GTGT đầu vào phát sinh sau khi có doanh thu sẽ không được hoàn lại.
- Số thuế GTGT đầu vào phát sinh trước khi có doanh thu có thể được hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ các điều kiện quy định về hoàn thuế GTGT.
5.2 Thời gian nhận tiền hoàn thuế GTGT?
Khi thủ tục hoàn thuế GTGT hoàn tất và doanh nghiệp nhận được quyết định hoàn thuế, số tiền hoàn sẽ được chuyển vào tài khoản thanh toán mà doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan thuế, hoặc có thể được dùng để bù trừ với các khoản nợ đối với cơ quan nhà nước.
5.3 Hoàn thuế VAT là gì?
Hoàn thuế VAT (hay còn gọi là hoàn thuế giá trị gia tăng – GTGT) là quá trình cơ quan thuế hoàn trả số tiền thuế GTGT mà doanh nghiệp đã nộp vào ngân sách nhà nước.
Như vậy hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu là cơ chế quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí. Tuy nhiên, để nhận được hoàn thuế, doanh nghiệp phải tuân thủ đúng thủ tục, chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và đáp ứng các điều kiện theo quy định. Việc này không chỉ giảm gánh nặng tài chính mà còn hỗ trợ doanh nghiệp phát triển bền vững trong kinh doanh quốc tế. Nếu bạn còn bất kỳ câu hỏi nào hoặc cần hỗ trợ về thủ tục hoàn thuế, đừng ngần ngại liên hệ với AZTAX qua HOTLINE: 0932 383 089 để được tư vấn chi tiết và giải đáp kịp thời.
