Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT?

Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT là nội dung quan trọng mà doanh nghiệp cần nắm rõ để tránh vi phạm quy định pháp luật và thiệt hại tài chính không đáng có. Theo quy định hiện hành, không phải mọi khoản thuế GTGT đầu vào đều đủ điều kiện hoàn. Việc hiểu rõ các tình huống bị loại trừ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát hồ sơ, chứng từ và tuân thủ đúng quy trình kê khai, khấu trừ thuế. Bài viết sau sẽ phân tích chi tiết từng trường hợp cụ thể để bạn dễ dàng áp dụng vào thực tiễn.

1. Hoàn thuế GTGT là gì?

Hoàn thuế GTGT (Giá trị gia tăng) là khi ngân sách nhà nước trả lại doanh nghiệp tiền các loại thuế mà doanh nghiệp phải nộp đầu vào khi mua hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa được khấu trừ thuế trong kỳ tính thuế, hoặc không thuộc trường hợp chịu thuế GTGT.

Theo quy định của pháp luật doanh nghiệp, việc hoàn thuế GTGT là nhà nước trả lại số tiền thuế thu quá hoặc trả lại tiền thuế thu sai.

2. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT

Theo quy định tại Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC, sửa đổi bởi điểm c khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC, có bốn trường hợp doanh nghiệp không đủ điều kiện để hoàn thuế GTGT mà phải kết chuyển số thuế còn lại sang kỳ tiếp theo theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Cụ thể:

1. Doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ

• Nếu đến thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, doanh nghiệp chưa thực hiện đủ nghĩa vụ góp vốn theo cam kết trong giấy đăng ký kinh doanh, thì sẽ không được xét hoàn thuế GTGT.
• Quy định này áp dụng với các hồ sơ nộp từ ngày 01/7/2016 trở đi.

2. Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng yêu cầu pháp lý

Các doanh nghiệp tham gia đầu tư vào ngành, nghề kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định sẽ không được hoàn thuế GTGT. Các trường hợp bị từ chối bao gồm:

• Chưa có giấy phép kinh doanh cho ngành, nghề đầu tư có điều kiện.
• Chưa có giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh theo quy định.
• Chưa nhận được văn bản chấp thuận đầu tư từ cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định pháp luật nhưng không cần xác nhận bằng văn bản.

3. Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề kinh doanh có điều kiện nhưng không duy trì đủ điều kiện trong quá trình hoạt động

Nếu trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp không còn đáp ứng các điều kiện kinh doanh theo quy định thì cũng không đủ điều kiện để được hoàn thuế. Các trường hợp cụ thể bao gồm:

• Bị thu hồi giấy phép kinh doanh của ngành, nghề đầu tư có điều kiện.
• Bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh theo quy định.
• Bị cơ quan nhà nước thu hồi văn bản chấp thuận đầu tư.
• Không đáp ứng được các điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.

Thời điểm doanh nghiệp mất quyền hoàn thuế được tính từ khi bị thu hồi một trong các giấy tờ trên hoặc khi cơ quan chức năng kiểm tra và phát hiện doanh nghiệp không còn đáp ứng điều kiện kinh doanh.

4. Dự án đầu tư liên quan đến khai thác tài nguyên, khoáng sản hoặc sử dụng tài nguyên với tỷ trọng lớn trong sản xuất

Những dự án dưới đây không được hoàn thuế GTGT:

• Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản có giấy phép hoạt động cấp từ ngày 01/7/2016 trở đi.
• Dự án sản xuất hàng hóa, trong đó chi phí tài nguyên, khoáng sản cùng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

Việc xác định tỷ lệ tài nguyên, khoáng sản cũng như thời điểm tính toán chi phí năng lượng phải tuân thủ theo Khoản 23 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Ngoài ra, theo khoản 4 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC, sửa đổi bởi khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC và Điều 2 Thông tư 25/2018/TT-BTC, các trường hợp sau cũng không đủ điều kiện để hoàn thuế GTGT:

• Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu nhưng không thực hiện xuất khẩu tại địa bàn hải quan.
• Hàng hóa xuất khẩu nhưng không qua khu vực địa bàn hải quan theo quy định.

3. Ai có thẩm quyền quyết định hoàn thuế?

Theo quy định tại Điều 76 của Luật Quản lý thuế 2019, thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế được phân chia cụ thể như sau:

1. Đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế

Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế hoặc Cục trưởng Cục Thuế tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có quyền phê duyệt và ra quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân thuộc diện được hoàn thuế theo quy định hiện hành.

2. Đối với trường hợp hoàn trả khoản tiền thuế nộp thừa theo Luật Quản lý thuế 2019

Việc hoàn trả tiền nộp thừa sẽ do Thủ trưởng cơ quan thuế nơi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế thực hiện. Cơ quan này sẽ xem xét hồ sơ, xác định số tiền nộp thừa và ra quyết định hoàn trả theo quy định.

3. Đối với trường hợp hoàn thuế liên quan đến hoạt động hải quan

Các quyết định hoàn thuế trong lĩnh vực hải quan sẽ do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Hải quan, hoặc Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi phát sinh số tiền thuế hoàn lại thực hiện.

4. Hành vi nào bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế?

Theo Điều 13 của Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2025), các hành vi sau đây sẽ bị nghiêm cấm khi thực hiện khấu trừ và hoàn thuế:

• Mua bán, tặng, môi giới hoặc tổ chức quảng bá nhằm giao dịch hóa đơn trái phép.
• Tạo dựng giao dịch giả mạo trong hoạt động mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ hoặc thực hiện các giao dịch trái quy định pháp luật.
• Xuất hóa đơn khi doanh nghiệp đang tạm ngừng hoạt động, ngoại trừ trường hợp lập hóa đơn để thực hiện các hợp đồng đã ký trước khi có thông báo tạm dừng kinh doanh.
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp hoặc sử dụng sai mục đích theo các quy định của Chính phủ.
• Không thực hiện chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử lên hệ thống cơ quan thuế theo yêu cầu.
• Cố ý thay đổi, sử dụng sai cách, truy cập trái phép hoặc phá hủy hệ thống quản lý hóa đơn, chứng từ.
• Đưa hoặc nhận hối lộ, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi gian lận khác nhằm trục lợi từ chính sách khấu trừ, hoàn thuế, trốn thuế hoặc chiếm đoạt tiền thuế giá trị gia tăng.
• Thông đồng, tiếp tay giữa cơ quan thuế, công chức thuế với doanh nghiệp, cá nhân nhập khẩu hoặc giữa các tổ chức, cá nhân kinh doanh để sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp nhằm trục lợi từ chính sách thuế.

5. Thuế GTGT đã đề nghị hoàn có được kết chuyển tháng sau không?

Theo quy định tại Điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC, cơ sở kinh doanh khi đã kê khai đề nghị hoàn thuế GTGT trên Tờ khai thuế thì không được tiếp tục kết chuyển khoản thuế GTGT đầu vào đó sang tháng tiếp theo để khấu trừ.

Điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT

1. Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

2. Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã kê khai đề nghị hoàn thuế trên Tờ khai thuế GTGT thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau.

3. Thủ tục hoàn thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Như vậy, cơ sở kinh doanh đã đề nghị hoàn thuế thì không thể đồng thời kết chuyển số thuế đó để khấu trừ vào kỳ sau. Việc tuân thủ nguyên tắc này là cần thiết để đảm bảo minh bạch và tránh sai phạm trong quản lý thuế.

6. Các khoản thuế không được hoàn lại

Thuế không được hoàn lại là gì? Thuế không được hoàn lại là khoản thuế mà người nộp đã đóng nhưng không đủ điều kiện để được Nhà nước hoàn trả. Trường hợp này thường xảy ra khi doanh nghiệp chưa đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế, dự án đầu tư vi phạm quy định pháp luật, hoặc hàng hóa xuất khẩu không đúng quy định về địa điểm hải quan. Phần thuế này sẽ không được nhận lại mà phải chuyển sang kỳ sau để khấu trừ.

1. Trường hợp doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ

• Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ, nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết trong kỳ thì không được hoàn, mà phải chuyển sang khấu trừ ở các kỳ tiếp theo.
• Trước đây, nếu sau 12 tháng (hoặc 4 quý) mà thuế đầu vào chưa khấu trừ hết, doanh nghiệp được quyền đề nghị hoàn. Tuy nhiên, hiện nay quy định đã thay đổi – số thuế này chỉ được chuyển tiếp khấu trừ, không hoàn lại bằng tiền.
• Ví dụ: Công ty A kê khai thuế theo quý, quý 3/2016 còn 80 triệu đồng thuế GTGT chưa khấu trừ hết thì phải chuyển sang quý 4/2016. Nếu vẫn chưa khấu trừ hết, tiếp tục chuyển sang quý 1/2017, quý 2/2017… cho đến khi hết.

2. Trường hợp liên quan đến dự án đầu tư

Một số dự án đầu tư cũng không được hoàn thuế GTGT trong các trường hợp sau:

• Không góp đủ vốn điều lệ theo đăng ký tính đến thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế.
• Chưa đáp ứng đủ điều kiện đầu tư kinh doanh theo quy định, bao gồm:
  • Chưa được cấp giấy phép/ký xác nhận đủ điều kiện.
  • Chưa có văn bản chấp thuận đầu tư từ cơ quan có thẩm quyền.
  • Chưa đủ điều kiện tự thực hiện mà không cần văn bản xác nhận.
• Không duy trì điều kiện đầu tư kinh doanh trong quá trình hoạt động, như:
  • Bị thu hồi giấy phép kinh doanh hoặc văn bản xác nhận điều kiện.
  • Không còn đáp ứng điều kiện kinh doanh trong suốt quá trình triển khai dự án.
• Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản hoặc sản xuất sản phẩm mà chi phí tài nguyên, khoáng sản và năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên – nếu cấp phép từ ngày 01/7/2016 thì cũng không thuộc diện hoàn thuế.

3. Trường hợp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ không đúng quy định

Doanh nghiệp không được hoàn thuế GTGT nếu hàng hóa xuất khẩu không thực hiện đúng tại địa bàn hải quan được quy định.

Ví dụ:

• Công ty C nhập khẩu 500 điều hòa từ Nhật, sau đó xuất khẩu sang Campuchia nhưng không qua địa bàn hải quan → không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT đầu vào, chỉ được khấu trừ.
• Công ty X xuất khẩu tinh bột sắn qua lối mòn không thuộc địa bàn hải quan → cũng không được hoàn thuế.

Việc hiểu rõ các trường hợp không được hoàn thuế GTGT giúp doanh nghiệp tránh lập hồ sơ sai hoặc kỳ vọng hoàn thuế không đúng thực tế, từ đó đảm bảo tuân thủ quy định và hạn chế rủi ro về thuế.

7. Câu hỏi thường gặp

Câu 1: Doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ có được hoàn thuế GTGT không?

Không. Theo quy định, nếu doanh nghiệp chưa góp đủ số vốn điều lệ theo đăng ký kinh doanh tính đến thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, thì sẽ không được xem xét hoàn thuế GTGT. Thay vào đó, số thuế GTGT chưa được khấu trừ sẽ được kết chuyển sang kỳ tiếp theo.

Câu 2: Doanh nghiệp kinh doanh ngành, nghề có điều kiện nhưng chưa có giấy phép hoạt động có được hoàn thuế GTGT không?

Không. Nếu doanh nghiệp đầu tư vào ngành, nghề kinh doanh có điều kiện mà chưa có giấy phép kinh doanh, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, hoặc văn bản chấp thuận đầu tư của cơ quan nhà nước, thì sẽ không được hoàn thuế GTGT.

Câu 3: Nếu doanh nghiệp bị thu hồi giấy phép kinh doanh trong quá trình hoạt động thì có được hoàn thuế GTGT không?

Không. Nếu doanh nghiệp đã từng đáp ứng điều kiện kinh doanh nhưng bị thu hồi giấy phép hoạt động, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, hoặc bị phát hiện không đáp ứng điều kiện theo quy định, thì sẽ không được tiếp tục hoàn thuế GTGT.

Câu 4: Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản có được hoàn thuế GTGT không?

Không. Các dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 trở đi không thuộc diện được hoàn thuế GTGT.

Câu 5: Doanh nghiệp sản xuất hàng hóa có chi phí tài nguyên và năng lượng cao có được hoàn thuế GTGT không?

Không. Nếu tổng chi phí tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên, thì doanh nghiệp không được hoàn thuế GTGT theo quy định.

Câu 6: Hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu có được hoàn thuế GTGT không?

Chỉ được hoàn thuế nếu việc xuất khẩu thực hiện tại địa bàn hải quan. Nếu hàng hóa xuất khẩu nhưng không thông qua địa bàn hoạt động hải quan thì sẽ không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT.

Câu 7: Trường hợp nào được kết chuyển thuế GTGT thay vì hoàn thuế?

Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT như chưa góp đủ vốn điều lệ, đầu tư vào ngành nghề có điều kiện nhưng chưa đủ điều kiện hoạt động, dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản,… thì số thuế GTGT chưa được khấu trừ sẽ được kết chuyển sang kỳ sau thay vì được hoàn thuế ngay.

Câu 8: Tỷ lệ phần trăm tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp mới nhất

Theo Điểm b Khoản 2 Điều 12 Luật Thuế GTGT năm 2024, phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu áp dụng các tỷ lệ phần trăm (%) khác nhau tùy theo lĩnh vực kinh doanh. Cụ thể:

• Phân phối, cung cấp hàng hóa: 1%
• Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%
• Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn hàng hóa; xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%
• Hoạt động kinh doanh khác: 2%

Doanh nghiệp, hộ kinh doanh không đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ thường sẽ tính thuế theo phương pháp này. Việc xác định đúng tỷ lệ theo lĩnh vực hoạt động là yếu tố then chốt để kê khai và nộp thuế GTGT chính xác.

Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT cần được doanh nghiệp hiểu rõ để đảm bảo tuân thủ đúng quy định và tránh rủi ro pháp lý. Nếu doanh nghiệp của bạn thuộc diện không được hoàn thuế, hãy chủ động kiểm tra và thực hiện kết chuyển thuế GTGT hợp lý. Đừng quên cập nhật các quy định thuế mới nhất để tối ưu lợi ích tài chính cho doanh nghiệp! Nếu bạn cần thêm thông tin về các trường hợp được hoàn thuế GTGT, Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT, hãy liên hệ ngay đến AZTAX qua HOTLINE: 0932 383 089 để được tư vấn cụ thể.