Hồ sơ và thủ tục hoàn thuế nhập khẩu như thế nào?

Thủ tục hoàn thuế nhập khẩu là quy trình quan trọng giúp doanh nghiệp được hoàn lại số thuế đã nộp trong các trường hợp đủ điều kiện theo quy định pháp luật. Hiểu rõ các bước thực hiện thủ tục này sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và đảm bảo quyền lợi tài chính một cách hiệu quả. Hãy cùng AZTAX tìm hiểu trong bài viết dưới đây.

1. Hoàn thuế xuất nhập khẩu là gì?

Để tiến hành thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu, cần hiểu rõ khái niệm hoàn thuế xuất nhập khẩu và các tình huống được phép hoàn thuế xuất nhập khẩu.

1.1. Hoàn thuế xuất nhập khẩu là gì

Hoàn thuế xuất nhập khẩu là quá trình mà cơ quan thuế hoặc đơn vị có thẩm quyền trả lại thuế xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp khi số thuế đã nộp vượt quá mức thuế xuất nhập khẩu cần phải nộp hoặc trong trường hợp không cần phải nộp thuế xuất nhập khẩu.

1.2. Các trường hợp được hoàn thuế xuất nhập khẩu

Theo quy định tại các Điều 33, 34, 35, 36 của Nghị định 134/2016/NĐ-CP, đã được sửa đổi bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021, các trường hợp được hoàn thuế bao gồm:

1. Hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu phải tái nhập.
2. Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất.
3. Hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ và phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất.
4. Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để phục vụ sản xuất, kinh doanh nhưng sau đó đã xuất khẩu sản phẩm.
5. Hoàn thuế trong trường hợp người nộp thuế đã đóng thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc số lượng hàng nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với lượng hàng đã nộp thuế. Tuy nhiên, không thực hiện hoàn thuế nếu số tiền thuế hoàn lại là quá nhỏ.

2. Hồ sơ và thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định của Pháp luật

Theo quy định của pháp luật, tùy vào từng trường hợp hoàn thuế xuất nhập khẩu cụ thể, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế phù hợp với từng tình huống và thực hiện các thủ tục hoàn thuế theo đúng quy định của pháp luật.

2.1. Hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu

Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu phải tái nhập được quy định cụ thể như sau:

(1) Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu phải tái nhập

Căn cứ pháp lý theo Khoản 2, Điều 33, Nghị định 134/2016/NĐ-CP và Khoản 18, Điều 1, Nghị định 18/2021/NĐ-CP.

Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:

• Công văn yêu cầu hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu, gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan, theo các thông tin quy định tại Mẫu số 01 hoặc công văn yêu cầu hoàn thuế theo Mẫu số 09 Phụ lục VII (gồm 01 bản chính).
• Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thực hiện thanh toán. Cung cấp 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan.
• Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa. Nếu xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác, cần có hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có). Cung cấp 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan.
• Thông báo từ khách hàng nước ngoài hoặc văn bản thỏa thuận với khách hàng nước ngoài về việc nhận lại hàng hóa, hoặc văn bản thông báo của hãng vận tải về việc không có người nhận hàng. Văn bản này phải nêu rõ lý do, số lượng, chủng loại hàng hóa trả lại đối với trường hợp hàng hóa do khách hàng trả lại, hoặc hàng hóa phải nhập khẩu trở lại do khách hàng nước ngoài từ chối nhận hàng hoặc không có người nhận hàng. Cung cấp 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan.

(2) Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất

Căn cứ Khoản 2 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Khoản 17 và Khoản 18 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021, hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu bao gồm:

• Công văn đề nghị hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, được gửi thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan, theo tiêu chí thông tin tại Mẫu số 01 hoặc công văn theo Mẫu số 09 Phụ lục VII (bản chính, 01 bản).
• Bản sao hóa đơn giá trị gia tăng, hóa đơn bán hàng theo quy định pháp luật về hóa đơn hoặc hóa đơn thương mại (01 bản sao).
• Chứng từ thanh toán đối với hàng hóa đã thực hiện thanh toán, được sao y bản chính và đóng dấu xác nhận của cơ quan (01 bản sao y).
• Bản sao hợp đồng mua bán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng tương ứng; trong trường hợp ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu, cần kèm theo hợp đồng ủy thác (nếu có), tất cả đều sao y bản chính (01 bản sao y).
• Bản sao văn bản thỏa thuận với đối tác nước ngoài về việc trả lại hàng hóa nhập khẩu (trường hợp hoàn trả hàng hóa nhập khẩu cho chủ hàng nước ngoài ban đầu theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều này), có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan (01 bản).
• Bản sao văn bản của doanh nghiệp bưu chính hoặc doanh nghiệp dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế thông báo về việc không giao được hàng hóa cho người nhận (áp dụng theo quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều này), có đóng dấu sao y bản chính (01 bản).
• Văn bản xác nhận từ doanh nghiệp cung ứng tàu biển về số lượng và trị giá hàng hóa đã cung ứng cho tàu biển nước ngoài, do doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu thực hiện, kèm theo bảng kê chứng từ thanh toán của các hãng tàu biển nước ngoài đối với hàng hóa nhập khẩu theo quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều này (01 bản chính).

(3) Hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất

Theo quy định tại Điều 35 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Khoản 18 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu bao gồm:

• Văn bản đề nghị hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu, được nộp thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan, theo thông tin tại Mẫu số 01 hoặc Mẫu số 09 (Phụ lục VII), gồm 01 bản chính.
• Chứng từ chứng minh việc thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong trường hợp đã hoàn tất thanh toán, là bản sao có xác nhận sao y bản chính của cơ quan có thẩm quyền (01 bản).
• Hợp đồng mua bán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn liên quan; trường hợp thực hiện ủy thác xuất khẩu hoặc nhập khẩu thì bổ sung thêm hợp đồng ủy thác tương ứng. Tất cả tài liệu này phải là bản sao có chứng thực sao y bản chính của cơ quan (01 bản).

(4) Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm

Căn cứ Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, hồ sơ đề nghị hoàn thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu bao gồm:

• Công văn đề nghị hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu, gửi thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan, theo thông tin tại Mẫu số 01 hoặc theo Mẫu số 09 (01 bản chính).
• Bản sao có chứng thực từ cơ quan có thẩm quyền về chứng từ thanh toán trong trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã được thanh toán (01 bản).
• Hợp đồng mua bán hàng hóa xuất, nhập khẩu và hóa đơn kèm theo; nếu là hình thức ủy thác thì cần có hợp đồng ủy thác tương ứng. Các tài liệu này phải là bản sao được sao y bản chính (01 bản).
• Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu theo Mẫu số 10 Phụ lục VII ban hành kèm theo Nghị định (01 bản).
• Hợp đồng gia công ký với đối tác nước ngoài (nếu nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm để gia công hàng xuất khẩu theo hợp đồng gia công): 01 bản sao có chứng thực sao y bản chính.
• Tài liệu chứng minh doanh nghiệp có cơ sở sản xuất tại Việt Nam, đồng thời có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng máy móc, thiết bị phù hợp với việc sản xuất hàng hóa từ nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu: 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính.

(5) Hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu đã nộp thuế; không hoàn thuế đối với trường hợp có số tiền thuế tối thiểu

Theo quy định tại Khoản 3 Điều 37 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Khoản 18 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP, hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bao gồm:

• Công văn đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu, được nộp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan, theo nội dung thông tin tại Mẫu số 01 hoặc theo Mẫu số 09 (01 bản chính).

Lưu ý:
Các mẫu biểu nêu trên thuộc Phụ lục VII, được ban hành kèm theo Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 của Chính phủ.

2.2. Thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định của Pháp luật

Sau khi đã hoàn tất việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu phù hợp với từng trường hợp cụ thể, doanh nghiệp hoặc đơn vị tiến hành thực hiện thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu theo quy định hiện hành.

(1) Thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu

Theo quy định tại Điều 13 Thông tư 06/2021/TT-BTC, trình tự thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu được thực hiện như sau:

Bước 1: Nộp hồ sơ hoàn thuế
Doanh nghiệp hoặc đơn vị nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế tại Chi cục Hải quan nơi đã đăng ký tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu.

Bước 2: Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ
Chi cục Hải quan tiếp nhận và tiến hành kiểm tra hồ sơ hoàn thuế:

• Nếu hồ sơ đầy đủ và hợp lệ, Chi cục Hải quan sẽ đóng dấu tiếp nhận và ghi vào sổ theo dõi.
• Nếu hồ sơ còn thiếu sót, Chi cục Hải quan sẽ thông báo cho doanh nghiệp biết để bổ sung, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.

Bước 3: Ra quyết định hoàn thuế
Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được bộ hồ sơ hoàn chỉnh và hợp lệ, Chi cục Hải quan sẽ ban hành quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Bước 4: Hoàn trả số tiền thuế
Chi cục Hải quan thực hiện việc hoàn trả số tiền thuế cho doanh nghiệp trong vòng 05 ngày làm việc, tính từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

(2) Lưu ý khi hoàn thuế xuất nhập khẩu

Một số lưu ý cho doanh nghiệp, tổ chức, đơn vị khi thực hiện thủ tục hoàn thuế xuất nhập khẩu:

• Cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo đúng quy định để đảm bảo quá trình xét duyệt và hoàn thuế được thực hiện nhanh chóng.
• Hồ sơ hoàn thuế phải được nộp trong thời hạn cho phép, cụ thể là trong vòng 05 năm kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Doanh nghiệp nên kiểm tra cẩn thận các thông tin trên hồ sơ trước khi nộp để tránh sai sót phải bổ sung, sửa đổi.
• Khuyến khích doanh nghiệp sử dụng phần mềm hải quan điện tử và phần mềm hóa đơn điện tử nhằm kê khai nhanh chóng và nộp hồ sơ điện tử, giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và nguồn lực.

Thông qua phần chia sẻ về hồ sơ và quy trình hoàn thuế xuất nhập khẩu, hy vọng sẽ hỗ trợ các doanh nghiệp, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực này thực hiện thủ tục một cách nhanh chóng và thuận lợi hơn.
Trường hợp doanh nghiệp chưa nắm rõ yêu cầu về hồ sơ, quy trình, hoặc có nhiều trường hợp hoàn thuế phức tạp, có thể cân nhắc thuê các đơn vị dịch vụ chuyên nghiệp để hỗ trợ thực hiện.

3. Ai tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu trên hệ thống điện tử?

Căn cứ theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 12 Thông tư 06/2021/TT-BTC, nội dung được quy định như sau:

Hướng dẫn khoản 4 Điều 72, khoản 4 Điều 73, khoản 4 Điều 76 Luật Quản lý thuế quy định về trình tự, thủ tục hoàn thuế

1. Tiếp nhận, phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế

…

b) Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn, thực hiện tiếp nhận, phản hồi hồ sơ đề nghị hoàn thuế thông qua Hệ thống. Trường hợp nộp hồ sơ bản giấy, cơ quan hải quan đóng dấu tiếp nhận, vào sổ tiếp nhận, xử lý hồ sơ giấy.

Theo quy định này, cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có phát sinh số thuế đề nghị hoàn sẽ thực hiện việc tiếp nhận và phản hồi hồ sơ hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
Trường hợp doanh nghiệp nộp hồ sơ dưới dạng bản giấy, cơ quan hải quan sẽ đóng dấu tiếp nhận, ghi vào sổ theo dõi và tiến hành xử lý hồ sơ giấy theo quy định.

4. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế được quy định ra sao?

Theo quy định tại Điều 75 của Luật Quản lý thuế năm 2019, thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế được quy định cụ thể như sau:

(1) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:
Trong thời hạn tối đa 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo chấp nhận hồ sơ và xác định thời hạn giải quyết hồ sơ, cơ quan quản lý thuế phải ban hành quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, hoặc thông báo việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước hoàn thuế (nếu thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019), hoặc ra thông báo từ chối hoàn thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện.
Trường hợp phát sinh sự khác biệt giữa thông tin kê khai trong hồ sơ hoàn thuế và dữ liệu quản lý của cơ quan thuế, cơ quan thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin bằng văn bản. Thời gian giải trình, bổ sung này sẽ không tính vào thời hạn giải quyết hồ sơ.

(2) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế:
Cơ quan quản lý thuế có tối đa 40 ngày kể từ ngày thông báo chấp nhận hồ sơ để ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định không hoàn thuế nếu hồ sơ không đáp ứng đủ điều kiện.

(3) Về trách nhiệm khi chậm giải quyết:
Nếu cơ quan quản lý thuế không ban hành quyết định hoàn thuế đúng thời hạn do lỗi từ phía mình, thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan thuế còn phải thanh toán thêm tiền lãi trên số tiền hoàn trả chậm với mức lãi suất 0,03%/ngày, tính trên số tiền và số ngày chậm. Khoản lãi này được chi trả từ ngân sách trung ương theo quy định pháp luật về ngân sách nhà nước.

Việc nắm chắc quy trình thủ tục hoàn thuế nhập khẩu không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định mà còn tối ưu hóa nguồn vốn kinh doanh. Nếu bạn còn bất kỳ thắc mắc nào, vui lòng liên hệ ngay với AZTAX qua HOTLINE: 0932 383 089 để được tư vấn kịp thời và nhanh chóng nhé!