Trong hoạt động kinh doanh, thanh tra thuế doanh nghiệp là một trong những khâu quan trọng giúp đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật về thuế. Quá trình này không chỉ nhằm phát hiện sai phạm mà còn hỗ trợ doanh nghiệp điều chỉnh kịp thời các vấn đề còn tồn tại. Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn hiểu rõ hơn về bản chất, mục đích và những điều cần lưu ý khi doanh nghiệp bị thanh tra thuế.
1. Thanh tra thuế là gì?
Thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan thuế nhằm kiểm tra và đánh giá việc tuân thủ các quy định pháp lý của người nộp thuế, xác minh hành vi vi phạm pháp luật thuế và thu thập chứng cứ cần thiết thông qua phân tích thông tin, dữ liệu liên quan đến người nộp thuế.
2. Trường hợp bị thanh tra thuế doanh nghiệp?
Thanh tra thuế doanh nghiệp là hoạt động kiểm tra của cơ quan thuế nhằm đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp. Vậy trong những trường hợp nào doanh nghiệp có thể bị đưa vào diện thanh tra? Cùng tìm hiểu để chủ động phòng tránh rủi ro và sai phạm.
Theo Điều 113 Luật Quản Lý thuế 2019, các trường hợp thanh tra thuế được quy định như sau:
- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật liên quan đến thuế.
- Dùng để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc thực hiện các biện pháp phòng, chống tham nhũng.
- Theo yêu cầu của công tác quản lý thuế dựa trên kết quả phân loại rủi ro trong quản lý thuế.
- Theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, kết luận của Thanh tra nhà nước và cơ quan khác có thẩm quyền.
3. Khi bị thanh tra thuế doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì?
Khi nhận được quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần nhanh chóng rà soát lại hồ sơ, sổ sách kế toán và các chứng từ liên quan để đảm bảo tính đầy đủ, chính xác. Việc chuẩn bị kỹ lưỡng không chỉ giúp quá trình thanh tra diễn ra thuận lợi mà còn hạn chế tối đa các rủi ro phát sinh. Vậy doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì khi bị thanh tra thuế? Hãy cùng điểm qua những nội dung quan trọng cần lưu ý.
Mỗi doanh nghiệp có đặc thù riêng, nhưng khi thanh tra thuế làm việc, sẽ có những vấn đề chung mà bất kỳ doanh nghiệp nào cũng phải giải trình. Nhiều kế toán viên thường lúng túng vì không biết đoàn thanh tra sẽ kiểm tra những nội dung gì.
Sau khi nhận được quyết định thanh tra từ cơ quan thuế, bộ phận kế toán cần chủ động chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ và chứng từ liên quan nhằm đảm bảo quá trình làm việc diễn ra suôn sẻ. Dưới đây là các hạng mục cần thiết:
- Rà Soát Hồ Sơ Pháp Lý Doanh Nghiệp
Kế toán cần kiểm tra toàn bộ hồ sơ pháp lý hiện hành của công ty bao gồm: giấy phép đăng ký kinh doanh, điều lệ công ty, các công văn trao đổi với cơ quan nhà nước (đặc biệt là cơ quan thuế), cũng như những tài liệu liên quan đến pháp luật và nghĩa vụ thuế.
- Tổ Chức, Sắp Xếp Chứng Từ Gốc
- Chứng từ kế toán cần được sắp xếp theo tháng, căn cứ vào Bảng kê thuế GTGT đầu vào, đầu ra đã nộp từng kỳ.
- Mỗi bộ chứng từ phải bao gồm đầy đủ các tài liệu liên quan đến nghiệp vụ kinh tế: hóa đơn, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, thanh lý, phiếu xuất – nhập kho, v.v.
- Bắt buộc phải có đầy đủ chữ ký của các bên liên quan trên các chứng từ.
Lưu ý: Kế toán cần đảm bảo chứng từ được kiểm tra kỹ lưỡng, hợp lệ, đầy đủ trước khi thực hiện thanh toán hay hạch toán.
- Đối Chiếu Dữ Liệu Trên Phần Mềm Kế Toán
Dựa trên hóa đơn và chứng từ gốc, kế toán tiến hành kiểm tra lại việc hạch toán nghiệp vụ trên phần mềm. Đồng thời, thực hiện đối chiếu hóa đơn đầu ra/đầu vào với hệ thống Cổng thông tin hóa đơn điện tử để đảm bảo tính chính xác và khớp dữ liệu.
- Chuẩn Bị Các Báo Cáo Đã Nộp Cho Cơ Quan Thuế
Tất cả báo cáo đã nộp cần được lưu trữ theo từng năm tài chính, bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT hàng tháng hoặc hàng quý;
- Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;
- Tờ khai thuế TNDN tạm tính hàng quý;
- Báo cáo tài chính năm;
- Quyết toán thuế TNDN, TNCN, hồ sơ hoàn thuế (nếu có).
Ngoài ra, cần in đầy đủ các loại sổ sách kế toán theo đúng mẫu và quy định pháp luật.
- Phân Loại Và Lưu Trữ Hợp Đồng Kinh Tế
- Hợp đồng đầu vào và đầu ra được phân loại và sắp xếp theo thời gian phát sinh.
- Kèm theo hợp đồng là các biên bản nghiệm thu, thanh lý, bàn giao tài sản hoặc dịch vụ.
- Chuẩn bị đầy đủ hợp đồng lao động và các tài liệu liên quan như: phụ lục hợp đồng, quyết định điều chuyển, nâng lương, hợp đồng khoán việc.
- Bao gồm cả hợp đồng thuê ngoài như: thuê văn phòng, máy móc, vận tải,…
- Chuẩn Bị Sổ Phụ Ngân Hàng
Toàn bộ sổ phụ tài khoản ngân hàng trong năm cần kiểm tra và in ấn đầy đủ, sẵn sàng phục vụ việc đối chiếu dòng tiền trong kỳ.
- Thực Hiện Đối Chiếu Và Kiểm Tra Toàn Diện
Kế toán phải kiểm tra các nội dung sau:
- Đối chiếu giữa sổ chi tiết và sổ cái;
- Kiểm tra sự khớp nhau giữa sổ sách và hóa đơn đầu vào/đầu ra;
- Đối chiếu công nợ phải thu, phải trả và biên bản xác nhận công nợ;
- Rà soát các khoản chi phí còn phải trả;
- Kiểm tra sự phù hợp giữa kê khai thuế và dữ liệu hóa đơn;
- Đảm bảo không có sự sai lệch giữa hóa đơn và số liệu trên sổ sách kế toán;
- Kiểm tra tính hợp lệ về chữ ký trên hóa đơn, chứng từ.
Việc chuẩn bị hồ sơ phục vụ thanh tra thuế không chỉ giúp doanh nghiệp làm việc hiệu quả với cơ quan chức năng mà còn nâng cao tính minh bạch, chủ động trong công tác tài chính – kế toán. Kế toán nên thường xuyên rà soát và cập nhật quy định pháp luật để tránh rủi ro không đáng có.
Một số nội dung cụ thể mà hầu hết các doanh nghiệp thường gặp và phải giải trình khi làm việc với thanh tra thuế:
- Đối chiếu số dư tài khoản 133 với tờ khai thuế GTGT
- Kiểm tra doanh thu trên tài khoản 511 so với tờ khai thuế GTGT
- Đối chiếu số dư tài khoản 3331 với tờ khai thuế GTGT
- Giải trình doanh thu nhưng không có giá vốn
- Giải trình giá vốn cao hơn giá bán
- Làm rõ tình hình thu hồi phế liệu
- Giải trình dư nợ tài khoản 331 (phải trả người bán)
- Giải trình dư có tài khoản 131 (phải thu khách hàng)
- Làm rõ giá trị hàng tồn kho lớn bất thường
- Đối chiếu số dư hàng tồn kho với báo cáo nhập – xuất – tồn
- Kiểm tra số dư tài khoản 242 với sổ theo dõi công cụ dụng cụ (CCDC)
- Giải trình số dư tài khoản 211 và 214 với sổ tài sản cố định (TSCĐ)
4. Quy trình thanh tra thuế doanh nghiệp
Quy trình thanh tra thuế doanh nghiệp được thực hiện theo các bước cụ thể và tuân thủ chặt chẽ theo quy định của pháp luật. Việc nắm rõ trình tự này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động phối hợp với cơ quan thuế, đồng thời giảm thiểu rủi ro trong suốt quá trình thanh tra. Vậy một cuộc thanh tra thuế tại doanh nghiệp sẽ diễn ra theo các bước nào? Cùng tìm hiểu chi tiết ngay sau đây.
Cơ quan thuế sẽ xác định danh sách doanh nghiệp cần thanh tra tại trụ sở dựa trên mức độ rủi ro, xếp hạng từ cao xuống thấp. Ngoài ra, các doanh nghiệp chưa từng bị thanh tra, kiểm tra thuế trong hơn 05 năm cũng sẽ được xem xét đưa vào kế hoạch nhằm đảm bảo tính toàn diện trong công tác quản lý thuế.
Quy trình thanh tra thuế tại doanh nghiệp gồm:
- Giai đoạn 1: Chuẩn bị và ra quyết định thanh tra
- Bước 1: Tổng hợp giấy tờ, phân tích xác định nội dung thanh tra
- Bước 2: Ban hành quyết định thanh tra
- Bước 3: Công bố quyết định thanh tra
- Giai đoạn 2: Tiến hành thanh tra
- Bước 1: Công bố quyết định thanh tra thuế
- Bước 2: Tiến hành thanh tra tại doanh nghiệp
- Bước 3: Lập biên bản thanh tra
5. Trình tự Cơ quan thuế kiểm tra các loại thuế
Khi doanh nghiệp nhận được thông báo kiểm tra hoặc thanh tra thuế, cơ quan thuế sẽ cử đoàn công tác đến làm việc trong khoảng thời gian và số lượng cán bộ phù hợp với mức độ phức tạp của hồ sơ kế toán. Mỗi cán bộ sẽ phụ trách từng sắc thuế khác nhau. Dưới đây là thứ tự và nội dung kiểm tra các loại thuế thường gặp:
- Thuế Giá Trị Gia Tăng (GTGT)
Hồ sơ cần chuẩn bị:
- Sắp xếp hóa đơn GTGT đầu ra và đầu vào theo thứ tự thời gian, đối chiếu với bản tờ khai đã nộp.
- Tạo bảng tổng hợp riêng các hóa đơn có sai sót, trùng lặp, kê khai thiếu hoặc nhầm lẫn.
- Hóa đơn mất bản gốc: đính kèm công văn báo mất gửi Cơ quan Thuế.
- Hóa đơn đầu ra bị hủy: cần có bản sao hóa đơn và biên bản hủy đi kèm.
- Hóa đơn mua hàng trên 20 triệu đồng: chuẩn bị chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Chuẩn bị file Excel tổng hợp các kỳ báo cáo thuế GTGT của doanh nghiệp.
- Thuế Thu Nhập Cá Nhân (TNCN)
Tài liệu phục vụ kiểm tra thuế TNCN bao gồm:
- Hợp đồng lao động các loại (dài hạn, thời vụ, khoán việc…).
- Bảng lương tổng hợp từng tháng/quý/năm, file Excel chi tiết.
- Chứng từ thanh toán lương qua ngân hàng hoặc phiếu chi tiền mặt.
- Thẻ lương, chứng từ khấu trừ thuế TNCN đối với lao động không ký hợp đồng.
- Hồ sơ giảm trừ gia cảnh: giấy khai sinh con, giấy chứng nhận người phụ thuộc.
- Đối với người nước ngoài: bản sao hộ chiếu, visa, hợp đồng lao động có công chứng.
- Giấy ủy quyền quyết toán thuế TNCN (nếu doanh nghiệp quyết toán thay).
- Các tài liệu, văn bản liên quan khác nếu có.
- Thuế Xuất Nhập Khẩu
Nếu doanh nghiệp có hoạt động XNK, cần chuẩn bị:
- Hợp đồng ngoại thương (song ngữ Việt – Anh).
- Bộ hồ sơ liên quan đến hàng hóa xuất, nhập khẩu: packing list, invoice, CO, CQ…
- Tờ khai hải quan (bản chính hoặc bản sao có xác nhận).
- Chứng từ nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT hàng nhập khẩu.
- Chứng từ chuyển tiền qua ngân hàng liên quan đến giao dịch quốc tế.
- Các chứng từ khác phục vụ việc đối chiếu, giải trình.
- Thuế Tiêu Thụ Đặc Biệt (TTĐB)
Doanh nghiệp sản xuất hoặc nhập khẩu hàng hóa thuộc diện chịu thuế TTĐB cần:
- Hồ sơ chứng minh đã nộp thuế TTĐB ở khâu trước (nếu có).
- Tờ khai và biên lai nộp thuế tiêu thụ đặc biệt đối với từng kỳ.
- Bảng tổng hợp doanh thu bán hàng chịu TTĐB.
- Các tài liệu liên quan như hồ sơ nhập khẩu, hóa đơn, chứng từ thanh toán.
- Thuế Thu Nhập Doanh Nghiệp (TNDN)
Đây là phần kiểm tra chuyên sâu, đòi hỏi hồ sơ đầy đủ và chi tiết:
- Bộ sổ sách kế toán đầy đủ, có ký tên, đóng dấu hợp lệ.
- Chứng từ kế toán: phiếu thu, phiếu chi, phiếu xuất kho, nhập kho, phiếu kế toán.
- Hợp đồng mua bán hàng hóa, dịch vụ đi kèm báo giá và chứng từ thanh toán.
- Hồ sơ tài sản cố định: biên bản bàn giao, hợp đồng mua sắm, bảng khấu hao.
- Tài liệu liên quan đến chi phí: bảng phân bổ chi phí, chi phí trả trước.
- Quyết định nội bộ về tiền lương, khấu hao, định mức tiêu hao nguyên vật liệu.
- Các biên bản kiểm kê quỹ, kiểm kê kho, xử lý hàng hỏng, hàng tồn.
- Tờ trình phê duyệt chi phí, báo cáo tài chính các năm.
- Đối chiếu công nợ, hợp đồng thanh toán chậm, công văn đòi nợ.
- Hồ sơ pháp lý doanh nghiệp: Giấy phép kinh doanh, điều lệ, quyết định bổ nhiệm…
Việc chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và đúng trình tự là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp thuận lợi trong quá trình làm việc với cơ quan thuế. Kế toán cần chủ động rà soát trước các nội dung kiểm tra thường gặp theo từng sắc thuế để đảm bảo minh bạch, chính xác và sẵn sàng giải trình khi có yêu cầu.
6. Một số quy định về thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp
6.1 Thời hạn gửi quyết định thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp là khi nào?
Chậm nhất là 3 ngày làm việc từ ngày ký, quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra. Quyết định thanh tra thuế phải công bố trong thời hạn 15 ngày từ ngày ra quyết định.
6.2 Thời hạn thanh tra thuế là bao lâu?
Theo Điều 115 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về thời hạn thanh tra thuế như sau:
- Cuộc thanh tra do Thanh tra Chính phủ tiến hành sẽ không quá 60 ngày; trường hợp phức tạp thì có thể gia hạn một lần không quá 30 ngày; lần thứ 2 gia hạn do trường hợp đặc biệt phức tạp có thể không quá 30 ngày;
- Thời gian thanh tra do Thanh tra Bộ, Thanh tra Tổng cục, Cục Thuế, Thanh tra tỉnh thực hiện tối đa là 45 ngày. Đối với các trường hợp phức tạp, thời gian này có thể được gia hạn một lần, nhưng không vượt quá 30 ngày theo quy định.
- Cuộc thanh tra do Thanh tra sở, Thanh tra huyện tiến hành không quá 30 ngày; trường hợp phức tạp ở biên giới, hải đảo, miền núi, vùng sâu, vùng xa khó khăn trong việc đi lại có thể gia hạn một lần không quá 15 ngày.
6.3 Tần suất thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp
Tần suất thanh tra và kiểm tra thuế tại doanh nghiệp phụ thuộc vào nhiều yếu tố và không được quy định cụ thể trong Luật Quản lý thuế. Thông thường, nếu doanh nghiệp hoạt động tuân thủ đúng các quy định và không nằm trong diện có rủi ro cao, cơ quan thuế sẽ không tiến hành thanh tra hoặc kiểm tra quá một lần trong một năm.
Đối với các trường hợp đặc thù như doanh nghiệp chuyển đổi loại hình, sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp. Trong những tình huống này, tần suất kiểm tra cũng được giới hạn không quá một lần trong một năm.
Doanh nghiệp nên chủ động duy trì hồ sơ kế toán minh bạch và tuân thủ đúng các quy định về thuế để giảm thiểu nguy cơ bị thanh tra, kiểm tra thường xuyên.
7. Không chấp hành quyết định thanh tra thuế doanh nghiệp bị xử lý thế nào?
Theo khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về ấn định thuế đối với người nộp thuế, có chỉ ra rằng nếu không chấp hành quyết định thanh tra thuế người nộp thuế sẽ bị ấn định thuế.
Việc ấn định thuế là biện pháp cơ quan thuế sử dụng để xác định số thuế phải nộp khi doanh nghiệp không tuân thủ đúng các quy định về khai thuế và nộp thuế. Do đó, để tránh bị ấn định thuế, doanh nghiệp cần tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ về đăng ký, khai báo và nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật.
Trên đây là những thông tin về thanh tra thuế doanh nghiệp. Việc hiểu rõ quy trình và chuẩn bị đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động tuân thủ pháp luật, hạn chế rủi ro và tối ưu hóa hoạt động kinh doanh. Nếu bạn cần tư vấn chi tiết hoặc hỗ trợ chuyên sâu về các vấn đề về thuế và thanh tra thuế doanh nghiệp, đừng ngần ngại liên hệ AZTAX qua HOTLINE: 0932.383.089 để được giải đáp nhanh chóng và chính xác!
