Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp là chính sách hỗ trợ quan trọng dành cho một số doanh nghiệp đáp ứng điều kiện theo quy định pháp luật hiện hành, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV) đăng ký kinh doanh lần đầu. Bên cạnh điều kiện và thời gian miễn thuế, doanh nghiệp cũng cần nắm rõ chế độ kế toán, thủ tục, hồ sơ và những lưu ý trong quá trình áp dụng chính sách. Trong bài viết này, AZTAX sẽ cùng doanh nghiệp tìm hiểu chi tiết quy định về miễn thuế TNDN 3 năm, nguyên tắc kế toán đối với DNNVV và các vấn đề cần lưu ý để áp dụng đúng quy định.
1. Doanh nghiệp được miễn thuế TNDN 3 năm đầu theo Nghị quyết 68 như thế nào?
Nghị quyết 68-NQ/TW năm 2025 của Bộ Chính trị đề ra nhiều chủ trương, giải pháp nhằm phát triển kinh tế tư nhân, trong đó có chính sách hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV), bao gồm định hướng miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong 3 năm đầu thành lập.
Để triển khai chính sách này, doanh nghiệp cần đối chiếu các quy định cụ thể tại Nghị quyết 198/2025/QH15 và Nghị định 20/2026/NĐ-CP. Theo quy định hiện hành, DNNVV thuộc diện ưu đãi được miễn thuế TNDN trong 3 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa 2017 và Nghị định 80/2021/NĐ-CP, DNNVV bao gồm doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa.
Việc xác định quy mô doanh nghiệp dựa trên lĩnh vực hoạt động, số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm và một trong các tiêu chí về doanh thu hoặc tổng nguồn vốn.
| Loại doanh nghiệp | Lĩnh vực | Lao động BHXH bình quân năm | Doanh thu tối đa/năm | Hoặc vốn tối đa |
| Siêu nhỏ | Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | ≤ 10 người | ≤ 3 tỷ đồng | ≤ 3 tỷ đồng |
| Siêu nhỏ | Thương mại, dịch vụ | ≤ 10 người | ≤ 10 tỷ đồng | ≤ 3 tỷ đồng |
| Nhỏ | Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | ≤ 100 người | ≤ 50 tỷ đồng | ≤ 20 tỷ đồng |
| Nhỏ | Thương mại, dịch vụ | ≤ 50 người | ≤ 100 tỷ đồng | ≤ 50 tỷ đồng |
| Vừa | Nông, lâm, thủy sản; công nghiệp, xây dựng | ≤ 200 người | ≤ 200 tỷ đồng | ≤ 100 tỷ đồng |
| Vừa | Thương mại, dịch vụ | ≤ 100 người | ≤ 300 tỷ đồng | ≤ 100 tỷ đồng |
Doanh nghiệp cần xác định đúng quy mô theo lĩnh vực hoạt động và các tiêu chí tương ứng, thay vì chỉ căn cứ vào doanh thu hoặc số vốn.
Theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, thời gian miễn thuế được tính liên tục trong 3 năm kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực nhưng vẫn còn thời gian được hưởng ưu đãi thì việc áp dụng được thực hiện theo quy định chuyển tiếp tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
Chính sách miễn thuế không áp dụng đối với một số trường hợp doanh nghiệp thành lập mới nhưng thực chất được hình thành từ việc tổ chức lại doanh nghiệp hoặc có sự liên quan nhất định với doanh nghiệp đã hoạt động trước đó.
Cụ thể, cần lưu ý các trường hợp:
- Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Doanh nghiệp thành lập mới có người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có phần vốn góp cao nhất đã từng giữ vai trò tương ứng tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc doanh nghiệp đã giải thể nhưng chưa đủ thời hạn theo quy định.
- Thu nhập thuộc các trường hợp không được hưởng ưu đãi theo Luật Thuế TNDN.
Vì vậy, trước khi áp dụng miễn thuế, doanh nghiệp nên kiểm tra đồng thời quy mô DNNVV, thời điểm thành lập, lịch sử hoạt động của người quản lý/thành viên góp vốn và loại thu nhập phát sinh.
Xem thêm: Cách tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoãn lại
2. Các trường hợp được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp
Hiện có hai chính sách miễn thuế TNDN đáng chú ý đối với doanh nghiệp mới thành lập: doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh được miễn thuế trong 2 năm và doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế trong 3 năm, nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định.
2.1 Doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh
Theo khoản 4 Điều 15 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, doanh nghiệp thuộc đối tượng quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 10 và thành lập mới từ hộ kinh doanh được miễn thuế TNDN trong 2 năm liên tục kể từ khi có thu nhập chịu thuế. Quy định này được áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2025.
Sau thời gian miễn thuế, doanh nghiệp xác định thuế suất theo quy định hiện hành. Luật Thuế TNDN 2025 quy định:
- Thuế suất 15% đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng.
- Thuế suất 17% đối với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trên 3 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng.
- Trường hợp không thuộc các mức thuế suất trên thì áp dụng thuế suất phổ thông 20%, trừ trường hợp được hưởng ưu đãi khác.
Do đó, doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh cần xác định đồng thời nguồn gốc thành lập, thu nhập chịu thuế và mức doanh thu làm căn cứ áp dụng thuế suất để xác định đúng chính sách.
2.2 Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu
Theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 3 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận trước khi Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực nhưng vẫn còn thời gian được hưởng ưu đãi thì được áp dụng cho thời gian còn lại.
Chính sách 3 năm không áp dụng đối với một số trường hợp, gồm:
- Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
- Doanh nghiệp mới có người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã từng giữ vai trò tương ứng tại doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng.
- Các khoản thu nhập thuộc trường hợp bị loại trừ theo quy định của pháp luật thuế TNDN.
2.3 Tiêu chí xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa
Doanh nghiệp muốn áp dụng chính sách miễn thuế 3 năm cần đối chiếu tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và các văn bản hướng dẫn. Nghị định 20/2026/NĐ-CP xác định doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa theo các quy định này.
Các tiêu chí được xác định theo số lao động tham gia BHXH bình quân năm, doanh thu và nguồn vốn, đồng thời phân loại theo lĩnh vực hoạt động như nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản; công nghiệp, xây dựng; thương mại và dịch vụ.
| Quy mô | Lao động BHXH bình quân năm | Doanh thu | Nguồn vốn |
|---|---|---|---|
| Siêu nhỏ | Không quá 10 người | Theo lĩnh vực | Theo lĩnh vực |
| Nhỏ | Không quá 100 người | Theo lĩnh vực | Theo lĩnh vực |
| Vừa | Không quá 200 người | Theo lĩnh vực | Theo lĩnh vực |
Doanh nghiệp nên đối chiếu đầy đủ tiêu chí tại Nghị định 80/2021/NĐ-CP thay vì chỉ căn cứ vào một chỉ tiêu doanh thu hoặc số lao động để xác định mình thuộc nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa.
Xem thêm: Thuế thu nhập doanh nghiệp là gì?
Xem thêm: Thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển nhượng bất động sản
3. Chế độ kế toán đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa có nguyên tắc gì?
Căn cứ Điều 3 Thông tư 133/2016/TT-BTC, doanh nghiệp nhỏ và vừa khi áp dụng chế độ kế toán cần tuân thủ một số nguyên tắc chung về lựa chọn chế độ kế toán, tổ chức hạch toán và chuyển đổi chế độ kế toán.
Được lựa chọn áp dụng chế độ kế toán theo Thông tư 200/2014/TT-BTC
Doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể lựa chọn áp dụng Chế độ kế toán doanh nghiệp theo Thông tư 200/2014/TT-BTC và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế.
Khi lựa chọn áp dụng, doanh nghiệp phải:
- Thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
- Thực hiện nhất quán chế độ kế toán đã lựa chọn trong năm tài chính.
- Trường hợp chuyển trở lại áp dụng chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa theo Thông tư 133/2016/TT-BTC, việc chuyển đổi phải được thực hiện từ đầu năm tài chính và thông báo lại cho cơ quan thuế.
Hạch toán phù hợp với đặc điểm hoạt động của doanh nghiệp
Doanh nghiệp nhỏ và vừa căn cứ vào nguyên tắc kế toán, nội dung và kết cấu của các tài khoản kế toán theo Thông tư 133/2016/TT-BTC để ghi nhận và hạch toán các giao dịch kinh tế phát sinh.
Việc hạch toán cần bảo đảm phù hợp với:
- Đặc điểm hoạt động sản xuất, kinh doanh;
- Yêu cầu quản lý của doanh nghiệp;
- Bản chất của từng giao dịch kinh tế;
- Quy định của pháp luật về kế toán và thuế.
Doanh nghiệp cần bảo đảm số liệu kế toán được phản ánh đầy đủ, chính xác và có căn cứ chứng từ hợp lệ.
Trường hợp doanh nghiệp không còn thuộc đối tượng áp dụng Thông tư 133/2016/TT-BTC
Nếu trong năm tài chính doanh nghiệp có thay đổi khiến không còn thuộc đối tượng áp dụng chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp vẫn được tiếp tục áp dụng Thông tư 133/2016/TT-BTC cho đến hết năm tài chính hiện tại.
Từ năm tài chính tiếp theo, doanh nghiệp phải chuyển sang áp dụng chế độ kế toán phù hợp với quy định pháp luật.
Như vậy, khi quy mô hoặc điều kiện hoạt động của doanh nghiệp thay đổi, doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại chế độ kế toán đang áp dụng để bảo đảm việc lập chứng từ, ghi sổ và lập báo cáo tài chính được thực hiện đúng quy định.
4. Thủ tục và hồ sơ để áp dụng chính sách miễn thuế TNDN
Doanh nghiệp được thành lập từ hộ kinh doanh cần kiểm tra điều kiện hưởng chính sách miễn thuế TNDN trước khi kê khai. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện và không thuộc trường hợp bị loại trừ.
Việc áp dụng chính sách được thực hiện theo cơ chế doanh nghiệp tự xác định điều kiện, kê khai và chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ, số liệu liên quan.
Bước 1: Xác định doanh nghiệp có đủ điều kiện miễn thuế TNDN
Trước khi kê khai ưu đãi, doanh nghiệp cần rà soát các điều kiện theo Nghị quyết 198/2025/QH15 và Nghị định 20/2026/NĐ-CP, trong đó tập trung vào:
- Doanh nghiệp có thuộc nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa theo quy định hay không.
- Có phải là doanh nghiệp đăng ký kinh doanh lần đầu hay không.
- Ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
- Doanh nghiệp có thuộc trường hợp bị loại trừ khỏi chính sách miễn thuế hay không.
- Người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất có thuộc trường hợp loại trừ theo quy định hay không.
Lưu ý, việc doanh nghiệp được thành lập từ hộ kinh doanh không đồng nghĩa với việc đương nhiên được miễn thuế TNDN. Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng các điều kiện áp dụng chính sách miễn thuế theo quy định hiện hành.
Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ, chứng từ chứng minh điều kiện
Doanh nghiệp nên chủ động lưu giữ các tài liệu làm căn cứ xác định điều kiện hưởng miễn thuế, gồm:
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
- Hồ sơ đăng ký thành lập doanh nghiệp.
- Tài liệu chứng minh doanh nghiệp được thành lập từ hộ kinh doanh, nếu có.
- Hồ sơ xác định quy mô doanh nghiệp nhỏ và vừa.
- Hồ sơ về doanh thu, lao động và nguồn vốn theo tiêu chí áp dụng.
- Hồ sơ liên quan đến người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh và thành viên góp vốn khi cần xác định trường hợp loại trừ.
- Hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ và tài liệu liên quan đến hoạt động kinh doanh.
Doanh nghiệp cần bảo đảm các thông tin sử dụng để xác định điều kiện miễn thuế có căn cứ và thống nhất với hồ sơ đăng ký doanh nghiệp, sổ sách kế toán và hồ sơ khai thuế.
Bước 3: Xác định thời gian được miễn thuế TNDN
Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế TNDN trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực nhưng doanh nghiệp vẫn còn thời gian thuộc diện ưu đãi thì được hưởng chính sách cho thời gian còn lại theo quy định.
Do đó, doanh nghiệp không nên hiểu rằng thời gian miễn thuế chỉ được tính từ năm đầu tiên phát sinh lợi nhuận hoặc có thu nhập chịu thuế.
Bước 4: Kê khai và áp dụng số thuế TNDN được miễn
Doanh nghiệp thực hiện kê khai, quyết toán thuế theo quy định và tự xác định số thuế TNDN thuộc diện được miễn trên cơ sở đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi.
Khi quyết toán thuế, doanh nghiệp cần bảo đảm:
- Xác định đúng thời gian 03 năm được miễn thuế.
- Xác định đúng đối tượng và điều kiện hưởng ưu đãi.
- Kê khai chính xác số thuế được miễn.
- Có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh điều kiện khi cơ quan thuế yêu cầu.
Doanh nghiệp nên lưu riêng và hệ thống hóa các tài liệu chứng minh điều kiện miễn thuế để thuận tiện khi giải trình hoặc khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra.
Bước 5: Theo dõi và bảo quản hồ sơ
Sau khi áp dụng chính sách miễn thuế, doanh nghiệp cần tiếp tục lưu trữ hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ và tài liệu chứng minh điều kiện hưởng ưu đãi theo quy định.
Đặc biệt, doanh nghiệp nên theo dõi các thông tin có thể ảnh hưởng đến việc xác định điều kiện miễn thuế như:
- Thay đổi người đại diện theo pháp luật.
- Thay đổi thành viên hoặc tỷ lệ góp vốn.
- Thay đổi loại hình doanh nghiệp.
- Thay đổi quy mô doanh nghiệp.
- Các hoạt động tổ chức lại doanh nghiệp.
Việc quản lý hồ sơ đầy đủ giúp doanh nghiệp có căn cứ chứng minh quyền hưởng ưu đãi nếu phát sinh yêu cầu giải trình hoặc kiểm tra thuế.
5. Những lưu ý quan trọng khi áp dụng miễn thuế TNDN
Khi áp dụng chính sách miễn thuế TNDN, doanh nghiệp cần chủ động rà soát điều kiện, xác định đúng thời gian và phạm vi được miễn thuế, đồng thời lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh.
Một số vấn đề doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý gồm:
- Tự xác định và chịu trách nhiệm: Doanh nghiệp tự xác định điều kiện, thời gian và số thuế TNDN được miễn.
- Kiểm tra đúng quy mô: Đối chiếu tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa về lao động, doanh thu và nguồn vốn theo quy định.
- Xác định đúng thời gian: Chính sách miễn thuế áp dụng 03 năm kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu nếu đủ điều kiện.
- Phân loại thu nhập: Xác định đúng khoản thu nhập được miễn và khoản thu nhập không thuộc diện ưu đãi.
- Tuân thủ kế toán, hóa đơn: Duy trì đầy đủ sổ sách, hóa đơn và chứng từ làm căn cứ xác định ưu đãi.
- Lưu hồ sơ: Bảo quản hồ sơ thành lập, tài liệu chứng minh quy mô, hồ sơ kế toán và quyết toán thuế để phục vụ giải trình, kiểm tra khi cần.
6. Các câu hỏi thường gặp
6.1 Doanh nghiệp thay đổi người đại diện pháp luật có còn được hưởng miễn thuế TNDN không?
Có thể. Việc thay đổi người đại diện theo pháp luật không mặc nhiên làm mất quyền hưởng miễn thuế TNDN. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần kiểm tra việc thay đổi này có làm phát sinh trường hợp thuộc diện loại trừ theo quy định về miễn thuế hay không, đặc biệt đối với chính sách miễn thuế 3 năm dành cho DNNVV đăng ký kinh doanh lần đầu.
6.2 Năm đầu tiên doanh nghiệp chưa phát sinh lợi nhuận thì có được tính vào thời gian miễn thuế không?
Tùy chính sách miễn thuế được áp dụng. Đối với DNNVV đăng ký kinh doanh lần đầu, thời gian miễn thuế 3 năm được tính liên tục từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã phát sinh lợi nhuận hay chưa.
Trong khi đó, chính sách miễn thuế 2 năm đối với doanh nghiệp thành lập mới từ hộ kinh doanh được tính từ thời điểm doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế theo quy định.
6.3 Doanh nghiệp thay đổi ngành nghề kinh doanh có ảnh hưởng đến ưu đãi thuế TNDN không?
Việc thay đổi, bổ sung ngành nghề kinh doanh không mặc nhiên làm mất ưu đãi thuế TNDN. Doanh nghiệp cần xác định ngành nghề mới có thuộc trường hợp được hưởng ưu đãi hoặc có ảnh hưởng đến điều kiện áp dụng chính sách miễn thuế hay không.
Đối với miễn thuế 3 năm dành cho DNNVV đăng ký kinh doanh lần đầu, doanh nghiệp cần tiếp tục đáp ứng các điều kiện theo quy định trong thời gian áp dụng ưu đãi.
Chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp là một trong những công cụ quan trọng giúp nâng cao sức cạnh tranh của doanh nghiệp trong nền kinh tế. Hiểu rõ các quy định và điều kiện để được miễn thuế sẽ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa lợi ích từ chính sách này, đồng thời tuân thủ đúng quy định pháp luật. Nếu bạn có nhu cầu thuê kế toán dịch vụ hoặc còn bất kỳ thắc mắc nào về miễn thuế thu nhập doanh nghiệp, đừng ngần ngại liên hệ với AZTAX qua HOTLINE: 0932.383.089 để được tư vấn cụ thể.
