Hoàn thuế GTGT dự án đầu tư là một trong những chính sách quan trọng nhằm hỗ trợ doanh nghiệp giảm gánh nặng tài chính trong giai đoạn đầu tư ban đầu. Tuy nhiên, để được hoàn thuế đúng quy định, doanh nghiệp cần đáp ứng hàng loạt điều kiện khắt khe và thực hiện thủ tục một cách chính xác. Trong bài viết này, AZTAX sẽ giúp bạn hiểu rõ ai được hoàn, khi nào được hoàn và cần chuẩn bị những gì để tránh bị từ chối hồ sơ.
1. Trường hợp được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư
Cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng đang trong giai đoạn đầu tư có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết, nếu đáp ứng điều kiện về phương pháp tính thuế, loại dự án, hồ sơ và các yêu cầu pháp luật liên quan. Quy định này cũng áp dụng đối với dự án được chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư và dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí theo phạm vi luật định.
1.1. Điều kiện đối với cơ sở kinh doanh và dự án
Để được xem xét hoàn thuế, cơ sở kinh doanh cần đáp ứng các điều kiện chủ yếu sau:
- Áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT: Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ và đáp ứng các điều kiện hoàn thuế theo quy định.
- Có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn: Dự án đầu tư mới, dự án mở rộng hoặc dự án được chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư theo pháp luật về đầu tư. Dự án không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp không thuộc trường hợp hoàn thuế đầu tư thông thường.
- Có thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư: Khoản thuế này chưa được hoàn và đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế.
- Không thuộc trường hợp bị loại trừ: Cần kiểm tra việc góp đủ vốn điều lệ, điều kiện kinh doanh đối với ngành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện và các trường hợp dự án tài nguyên, khoáng sản theo quy định.
1.2. Dự án đã hoàn thành nhưng chưa đề nghị hoàn thuế
Trường hợp dự án, giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư đã hoàn thành nhưng chưa thực hiện hoàn thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư, cơ sở kinh doanh phải nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 01 năm kể từ ngày hoàn thành.
Ngày hoàn thành được xác định theo ngày phát sinh doanh thu của dự án, giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư. Doanh thu dùng để xác định thời điểm này không bao gồm doanh thu trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính và doanh thu thanh lý nguyên vật liệu của dự án.
1.3. Dự án do tổ chức kinh tế mới, Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh thực hiện
Trường hợp chủ dự án thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao Ban Quản lý dự án, chi nhánh quản lý dự án, việc kê khai, khấu trừ và hoàn thuế được thực hiện theo quy định đối với chủ thể trực tiếp quản lý dự án.
Nếu sau khi hoàn thành, tổ chức kinh tế mới, Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh không tiếp tục quản lý, vận hành mà bàn giao dự án cho chủ đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh khác, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết phải được bàn giao để tiếp tục kê khai, khấu trừ theo quy định.
1.4. Dự án chấm dứt hoạt động trước khi đi vào sản xuất, kinh doanh
Nếu dự án đang trong giai đoạn đầu tư nhưng phải chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra, cơ sở kinh doanh phải xử lý số thuế đã hoàn và số thuế chưa được hoàn theo quy định. Trường hợp thuộc diện phải nộp lại tiền hoàn, doanh nghiệp thực hiện nộp vào ngân sách nhà nước; phần thuế chưa được hoàn không được giải quyết hoàn thuế theo trường hợp này.
Xem thêm: Hoàn thuế giá trị gia tăng là gì?
2. Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT bao nhiêu?
Số thuế GTGT được hoàn là phần thuế đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết sau khi bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Nếu số còn lại từ 300 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh được xem xét hoàn thuế khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp luật.
2.1. Cách xác định số thuế được hoàn
Việc xác định số thuế đề nghị hoàn được thực hiện theo trình tự:
Thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được hoàn → Bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động kinh doanh đang thực hiện (nếu có) → Xác định số thuế đầu vào còn chưa được khấu trừ hết.
Nếu số thuế còn lại đạt từ 300 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp có thể lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trường hợp chưa đạt ngưỡng, số thuế chưa được khấu trừ hết được tiếp tục xử lý theo quy định về khấu trừ thuế.
2.2. Ví dụ minh họa
Doanh nghiệp A có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư, phát sinh 500 triệu đồng thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ. Trong cùng kỳ, hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện có 120 triệu đồng thuế GTGT phải nộp.
Sau khi bù trừ, số thuế GTGT đầu vào của dự án còn chưa được khấu trừ hết là:
500 triệu đồng – 120 triệu đồng = 380 triệu đồng.
Do số thuế còn lại 380 triệu đồng, lớn hơn ngưỡng 300 triệu đồng, doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế đối với khoản này nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện và hồ sơ theo quy định.
Lưu ý: Ngưỡng 300 triệu đồng là điều kiện để xem xét hoàn thuế, không phải số tiền hoàn cố định. Số thuế thực tế được hoàn phụ thuộc vào khoản thuế đầu vào đủ điều kiện, kết quả bù trừ và việc kiểm tra hồ sơ của cơ quan thuế.
3. Những trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư
Không phải mọi dự án đầu tư có thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết đều được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế nếu dự án thuộc trường hợp pháp luật loại trừ hoặc chưa đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế. Tùy từng trường hợp, số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết được tiếp tục xử lý theo quy định về khấu trừ thuế GTGT.
3.1. Chưa góp đủ vốn điều lệ theo quy định
Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh chưa góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký thuộc trường hợp không được hoàn thuế GTGT theo quy định. Doanh nghiệp cần đối chiếu số vốn đã góp thực tế với hồ sơ đăng ký doanh nghiệp và thời hạn góp vốn trước khi lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
3.2. Chưa đáp ứng điều kiện kinh doanh đối với ngành, nghề có điều kiện
Đối với dự án thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế khi chưa đáp ứng điều kiện để thực hiện hoạt động kinh doanh theo quy định.
Trường hợp này có thể bao gồm việc chưa được cấp giấy phép, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, văn bản chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền hoặc chưa đáp ứng điều kiện kinh doanh mà pháp luật không yêu cầu xác nhận bằng văn bản.
3.3. Không duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động
Dự án thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện cũng không được hoàn thuế nếu cơ sở kinh doanh không còn đáp ứng điều kiện trong quá trình hoạt động.
Việc không đáp ứng điều kiện có thể phát sinh khi giấy phép, giấy chứng nhận hoặc văn bản chấp thuận bị thu hồi, hoặc khi cơ quan có thẩm quyền kiểm tra và xác định cơ sở kinh doanh không còn đủ điều kiện theo quy định. Thời điểm không được hoàn thuế được xác định theo quy định áp dụng đối với từng trường hợp.
3.4. Dự án đầu tư thuộc trường hợp tài nguyên, khoáng sản bị loại trừ
Một số dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản hoặc sản xuất sản phẩm có tỷ trọng giá trị tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng từ 51% giá thành sản phẩm trở lên thuộc trường hợp không được hoàn thuế GTGT theo quy định.
Việc xác định tỷ trọng này phải căn cứ vào loại tài nguyên, khoáng sản, giá trị tài nguyên, chi phí năng lượng và phương pháp tính theo pháp luật hiện hành. Doanh nghiệp không nên chỉ dựa vào tỷ lệ 51% để kết luận mà cần kiểm tra đầy đủ điều kiện áp dụng đối với dự án cụ thể.
Lưu ý: Các trường hợp trên cần được đối chiếu với quy định đang có hiệu lực tại thời điểm đề nghị hoàn thuế. Đối với dự án không được hoàn, doanh nghiệp cần xác định riêng khả năng tiếp tục khấu trừ số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết theo quy định.
4. Hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
Chuẩn bị hồ sơ và thực hiện thủ tục hoàn thuế đúng quy định là yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp được hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) một cách hợp pháp. Dưới đây là nội dung hướng dẫn chi tiết về hồ sơ, thủ tục hoàn thuế GTGT áp dụng cho dự án đầu tư:
5.1. Hồ sơ khai thuế cho dự án đầu tư
Khi doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất kinh doanh và thuộc diện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nếu có thực hiện dự án đầu tư thì cần tiến hành kê khai thuế riêng cho dự án đó. Đồng thời, doanh nghiệp cần thực hiện việc bù trừ thuế GTGT đầu vào của dự án với thuế GTGT phát sinh từ hoạt động kinh doanh hiện tại.
Tùy vào phương pháp tính thuế được áp dụng, hồ sơ khai thuế sẽ có sự khác biệt:
- Nếu áp dụng phương pháp trực tiếp, hồ sơ cần chuẩn bị gồm:
- Tờ khai thuế GTGT theo Mẫu số 03/GTGT ban hành theo Thông tư 156/2013/TT-BTC.
- Giấy ủy quyền (nếu người đại diện pháp luật của doanh nghiệp ủy quyền cho người khác thực hiện thủ tục).
- Nếu áp dụng phương pháp khấu trừ hồ sơ cần bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT theo Mẫu số 02/GTGT theo Thông tư 156/2013/TT-BTC.
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ đầu vào sử dụng cho dự án đầu tư theo Mẫu số 01-2/GTGT.
- Giấy ủy quyền (nếu có).
5.2 Thủ tục nộp hồ sơ hoàn thuế
Việc nộp hồ sơ thuế cho dự án đầu tư phụ thuộc vào tình trạng hoạt động của dự án:
5.2.1. Dự án đầu tư chưa đi vào hoạt động
- Nếu dự án triển khai tại cùng địa bàn tỉnh/thành phố với trụ sở chính:
Doanh nghiệp cần lập hồ sơ khai thuế riêng và nộp tại cơ quan thuế nơi đặt trụ sở chính.
Số thuế GTGT đầu vào của dự án được phép bù trừ với thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang triển khai. Phần chưa được khấu trừ sẽ là căn cứ để hoàn thuế GTGT. - Nếu dự án thực hiện tại địa phương khác với nơi đặt trụ sở chính:
- Có Ban quản lý dự án hoặc chi nhánh: Đơn vị này phải lập và nộp hồ sơ tại cơ quan thuế địa phương nơi đặt dự án.
- Không có Ban quản lý dự án hoặc chi nhánh: Doanh nghiệp phải tự lập hồ sơ riêng và nộp cho cơ quan thuế tại trụ sở chính.
5.2.2. Dự án đầu tư đã đi vào hoạt động
Trong trường hợp dự án đầu tư đã hoàn tất và doanh nghiệp được thành lập mới từ dự án:
- Doanh nghiệp ban đầu là chủ đầu tư có trách nhiệm tổng hợp toàn bộ số thuế GTGT đầu vào đã phát sinh (bao gồm phần đã hoàn và chưa hoàn) để chuyển giao cho đơn vị mới thành lập. Doanh nghiệp mới sẽ tiếp tục thực hiện nghĩa vụ kê khai và hoàn thuế theo quy định.
- Trường hợp doanh nghiệp vẫn đang trong quá trình đầu tư và thực hiện đồng thời hoạt động sản xuất kinh doanh thì thuế GTGT đầu vào của dự án sẽ được kê khai cùng với thuế GTGT phát sinh tại trụ sở chính trong cùng một hồ sơ.
6. Bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư
Căn cứ quy định tại điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Điều 2 Thông tư 13/2023/TT-BTC), khi doanh nghiệp có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ như sau:
- Bản sao hợp lệ một trong các loại giấy tờ chứng minh việc đăng ký đầu tư:
Bao gồm Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư – áp dụng với những trường hợp phải thực hiện thủ tục đăng ký đầu tư. - Nếu dự án có thực hiện xây dựng công trình:
Cần cung cấp bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất, hợp đồng thuê đất do cơ quan có thẩm quyền cấp; kèm theo giấy phép xây dựng hợp lệ. - Bản sao chứng từ thể hiện phần vốn góp điều lệ của doanh nghiệp đối với dự án đầu tư đang triển khai.
- Đối với dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư:
Phải nộp kèm bản sao một trong các loại giấy tờ xác nhận điều kiện kinh doanh như Giấy phép, Giấy chứng nhận hoặc văn bản chấp thuận/thừa nhận được cấp bởi cơ quan nhà nước có thẩm quyền – theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP. - Bảng kê chi tiết hóa đơn, chứng từ đầu vào phục vụ cho dự án đầu tư:
Sử dụng Mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo Phụ lục I của Thông tư 80/2021/TT-BTC. Trường hợp người nộp thuế đã truyền hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế thì không cần đính kèm bảng kê này. - Các quyết định nội bộ liên quan đến dự án đầu tư:
Bao gồm Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, quyết định giao nhiệm vụ quản lý dự án của chủ đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động (áp dụng nếu đơn vị trực tiếp nộp hồ sơ là chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án).
7. Một số tình huống cụ thể về hoàn thuế GTGT
Hoàn thuế GTGT không phải lúc nào cũng đơn giản và suôn sẻ như nhiều người vẫn nghĩ. Có những trường hợp doanh nghiệp gặp phải tình huống “khó đỡ” khiến việc hoàn thuế bị trì hoãn hoặc từ chối. Vậy những tình huống cụ thể nào thường xảy ra và doanh nghiệp cần lưu ý gì để tránh rắc rối khi hoàn t2025
Dự án đầu tư tại cùng địa bàn tỉnh/thành phố với cơ sở kinh doanh
Khi dự án đầu tư nằm cùng tỉnh/thành phố với trụ sở chính, doanh nghiệp có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào sau khi thực hiện bù trừ với hoạt động kinh doanh (nếu có). Đây là trường hợp phổ biến và được ưu tiên giải quyết.
Dự án đầu tư sản xuất sản phẩm chịu hoặc không chịu thuế GTGT
- Nếu dự án tạo ra sản phẩm chịu thuế GTGT (như hàng hóa thông dụng), doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu vào.
- Nếu sản phẩm không chịu thuế GTGT (như chăn nuôi), doanh nghiệp không được hoàn mà chỉ ghi nhận vào chi phí.
Ví dụ cụ thể về tính toán và bù trừ thuế GTGT:
Công ty B đầu tư dự án với thuế GTGT đầu vào 120 triệu đồng, trong khi hoạt động kinh doanh hiện tại có thuế GTGT đầu ra 80 triệu đồng. Sau khi bù trừ, còn dư 40 triệu đồng, công ty có thể đề xuất hoàn số thuế này.
8. Các câu hỏi thường gặp
8.1 Dự án đầu tư mất bao lâu để được hoàn thuế?
Khi doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ điều kiện và nộp hồ sơ hợp lệ, thời gian hoàn thuế sẽ phụ thuộc vào quy trình xử lý của cơ quan thuế, thông thường từ 15–40 ngày làm việc.
8.2 Dự án đầu tư chưa hoàn thành có được hoàn thuế không?
Có. Dự án dù chưa hoàn thành vẫn có thể được hoàn thuế nếu đáp ứng các tiêu chí về thuế GTGT đầu vào theo quy định pháp luật.
8.3 Trường hợp dự án chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra thì xử lý thế nào?
Nếu dự án thuộc diện đầu tư mới và đáp ứng quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp vẫn có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào mà không cần phát sinh thuế đầu ra. Thuế được hoàn trực tiếp, không cần bù trừ.
8.4 Dự án chăn nuôi có được hoàn thuế GTGT không?
Nếu sản phẩm của dự án chăn nuôi không thuộc diện chịu thuế GTGT, thì doanh nghiệp không được hoàn thuế. Phần thuế GTGT đầu vào sẽ được tính vào chi phí hoạt động.
8.5 Dự án xây dựng cơ bản có được hoàn thuế không?
Có, nếu dự án xây dựng cơ bản phục vụ hoạt động kinh doanh chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định.
8.6 Doanh nghiệp chế xuất có được hoàn thuế GTGT không?
Không. Doanh nghiệp chế xuất (DNCX) thuộc khu phi thuế quan nên không phải nộp thuế GTGT với hàng xuất khẩu. Tuy nhiên, nếu bán hàng vào nội địa, hàng sẽ bị tính như nhập khẩu và phải chịu thuế GTGT.
Vì không nộp thuế nên DNCX không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào cho hàng hóa/dịch vụ nội địa. Việc hoàn thuế cho DNCX là không đúng luật và tạo bất lợi cho nhà cung cấp nội địa.
8.7 Thuế GTGT vãng lai có được hoàn không?
Không. Thuế GTGT vãng lai (1-2% doanh thu phát sinh tại địa phương khác trụ sở chính) không được khấu trừ hay hoàn lại theo Thông tư 156/2013/TT-BTC và Luật Thuế GTGT. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp nộp thừa hoặc nhầm, có thể xin hoàn theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
8.8 Hạch toán hoàn thuế GTGT dùng tài khoản nào?
- TK 1331: Thuế GTGT từ hàng hóa/dịch vụ phục vụ sản xuất kinh doanh.
- TK 1332: Thuế GTGT từ mua sắm tài sản cố định.
- TK 1333: Theo dõi số thuế đã nộp hồ sơ hoàn nhưng chưa có quyết định.
- TK 1338: Theo dõi số thuế đã có quyết định hoàn nhưng chưa nhận được tiền.
Ví dụ: Hoàn 50 triệu
- Nộp hồ sơ: từ 1331 → 1333
- Có quyết định hoàn: 1333 → 1338
- Nhận tiền: 1338 → 112
8.9 Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT
- Theo tháng: Chậm nhất ngày 20 tháng sau.
- Theo quý: Chậm nhất ngày cuối tháng đầu quý sau.
- Theo lần phát sinh: Trong vòng 10 ngày kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.
8.10 Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế GTGT
- Nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính.
- Nếu có dự án đầu tư tại địa phương khác: Nộp hồ sơ tại nơi có dự án.
- Nếu chuyển nhượng bất động sản: Nộp tại nơi có bất động sản chuyển nhượng.
Hy vọng qua chia sẻ trên, doanh nghiệp của bạn đã nắm rõ quy trình hoàn thuế GTGT dự án đầu tư và biết cách chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, chính xác. Nếu bạn cần tư vấn hoặc hỗ trợ thực hiện thủ tục hoàn thuế, đừng ngần ngại liên hệ với AZTAX qua số HOTLINE: 0932.383.089 để tư vấn cụ thể hơn. Đừng để những thiếu sót nhỏ khiến doanh nghiệp bỏ lỡ quyền lợi thuế đáng có!
Xem thêm: Thủ tục hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu
Xem thêm: Điều kiện hoàn thuế gtgt hàng nhập khẩu
