Thanh tra thuế doanh nghiệp là vấn đề được nhiều doanh nghiệp quan tâm, đặc biệt khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra hồ sơ, sổ sách, hóa đơn và việc thực hiện nghĩa vụ thuế. Quá trình này có thể phát sinh yêu cầu giải trình, bổ sung hồ sơ hoặc xử lý các sai sót nếu phát hiện vi phạm. Vậy thanh tra thuế doanh nghiệp được thực hiện như thế nào, doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì và cần lưu ý gì trong quá trình làm việc với cơ quan thuế? Bài viết dưới đây, AZTAX sẽ giúp doanh nghiệp nắm rõ quy trình, các quy định liên quan và cách chuẩn bị cần thiết.
1. Thanh tra thuế là gì? Mục đích của việc thanh tra thuế, kiểm tra thuế
Thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan thuế nhằm kiểm tra và đánh giá việc tuân thủ các quy định pháp lý của người nộp thuế, xác minh hành vi vi phạm pháp luật thuế và thu thập chứng cứ cần thiết thông qua phân tích thông tin, dữ liệu liên quan đến người nộp thuế.
Mục đích của việc thanh tra thuế, kiểm tra thuế
Căn cứ vào Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015 và Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế được thực hiện nhằm chuẩn hóa công tác quản lý thuế, nâng cao tính tuân thủ pháp luật và kịp thời phát hiện, xử lý các hành vi vi phạm. Cụ thể:
[1] Đối với thanh tra thuế
- Chuẩn hóa công tác thanh tra thuế: Thống nhất các nội dung và trình tự thực hiện trong hoạt động thanh tra thuế.
- Đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật: Hoạt động thanh tra được thực hiện đúng quy định, thống nhất trong toàn ngành thuế, đáp ứng yêu cầu cải cách và hiện đại hóa công tác quản lý thuế.
- Nâng cao hiệu quả thanh tra: Tăng cường năng lực thực hiện thanh tra, đồng thời đảm bảo tính khách quan, công khai và minh bạch trong quá trình thanh tra.
[2] Đối với kiểm tra thuế
- Phát hiện và xử lý vi phạm về thuế: Tăng cường kiểm tra dựa trên cơ chế quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin, qua đó kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý các hành vi vi phạm, góp phần hạn chế thất thu thuế.
- Nâng cao ý thức tuân thủ pháp luật thuế: Khuyến khích người nộp thuế chủ động, tự giác thực hiện đầy đủ các quy định về thuế.
- Đẩy mạnh cải cách hành chính: Đơn giản hóa và nâng cao hiệu quả công tác kiểm tra thuế, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.
Nhìn chung, thanh tra và kiểm tra thuế không chỉ nhằm phát hiện, xử lý sai phạm mà còn góp phần nâng cao tính tuân thủ của doanh nghiệp, tăng hiệu quả quản lý thuế và hạn chế thất thu ngân sách nhà nước.
Xem thêm: Thuế thu nhập doanh nghiệp là gì?
Xem thêm: Thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử mới nhất năm 2026
2. Quy trình thanh tra thuế doanh nghiệp
Quy trình thanh tra thuế doanh nghiệp được thực hiện theo các bước cụ thể và tuân thủ chặt chẽ theo quy định của pháp luật. Việc nắm rõ trình tự này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động phối hợp với cơ quan thuế, đồng thời giảm thiểu rủi ro trong suốt quá trình thanh tra. Vậy một cuộc thanh tra thuế tại doanh nghiệp sẽ diễn ra theo các bước nào? Cùng tìm hiểu chi tiết ngay sau đây.
Cơ quan thuế sẽ xác định danh sách doanh nghiệp cần thanh tra tại trụ sở dựa trên mức độ rủi ro, xếp hạng từ cao xuống thấp. Ngoài ra, các doanh nghiệp chưa từng bị thanh tra, kiểm tra thuế trong hơn 05 năm cũng sẽ được xem xét đưa vào kế hoạch nhằm đảm bảo tính toàn diện trong công tác quản lý thuế.
Quy trình thanh tra thuế tại doanh nghiệp gồm:
- Giai đoạn 1: Chuẩn bị và ra quyết định thanh tra
- Bước 1: Tổng hợp giấy tờ, phân tích xác định nội dung thanh tra
- Bước 2: Ban hành quyết định thanh tra
- Bước 3: Công bố quyết định thanh tra
- Giai đoạn 2: Tiến hành thanh tra
- Bước 1: Công bố quyết định thanh tra thuế
- Bước 2: Tiến hành thanh tra tại doanh nghiệp
- Bước 3: Lập biên bản thanh tra
Xem thêm: Hướng dẫn quyết toán thuế TNDN mới nhất năm 2026
3. Khi bị thanh tra thuế doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì?
Sau khi nhận được thông báo hoặc quyết định của cơ quan thuế về việc thanh tra, kiểm tra thuế, doanh nghiệp cần chủ động rà soát và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ liên quan. Việc sắp xếp hồ sơ khoa học, kiểm tra tính đầy đủ và đối chiếu số liệu trước khi làm việc với cơ quan thuế sẽ giúp quá trình kiểm tra diễn ra thuận lợi hơn.
Mỗi doanh nghiệp có đặc thù riêng, nhưng khi thanh tra thuế làm việc, sẽ có những vấn đề chung mà bất kỳ doanh nghiệp nào cũng phải giải trình. Nhiều kế toán viên thường lúng túng vì không biết đoàn thanh tra sẽ kiểm tra những nội dung gì.
Sau khi nhận được quyết định thanh tra từ cơ quan thuế, bộ phận kế toán cần chủ động chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ và chứng từ liên quan nhằm đảm bảo quá trình làm việc diễn ra suôn sẻ.
Dưới đây là các hạng mục cần thiết:
[1] Hồ sơ pháp lý cần chuẩn bị
Kế toán cần rà soát toàn bộ hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp và các công văn đi, đến có liên quan đến hoạt động pháp lý, kế toán và thuế. Các tài liệu cần được kiểm tra, phân loại và sắp xếp đầy đủ để thuận tiện khi cơ quan thuế yêu cầu cung cấp.
[2] Sắp xếp chứng từ gốc
Kế toán cần sắp xếp chứng từ gốc theo từng tháng, quý và năm, đồng thời đối chiếu với bảng kê khai thuế đầu vào, đầu ra đã nộp.
Mỗi bộ chứng từ cần đảm bảo đầy đủ tài liệu chứng minh nghiệp vụ kinh tế phát sinh, chẳng hạn như:
- Hóa đơn;
- Hợp đồng;
- Biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng;
- Phiếu xuất kho, nhập kho;
- Biên bản bàn giao và các tài liệu liên quan khác.
Các chứng từ cần có đầy đủ chữ ký của những người có thẩm quyền và các bên liên quan theo quy định.
Lưu ý: Doanh nghiệp nên kiểm soát chặt chẽ tính đầy đủ, hợp lệ và thống nhất của hồ sơ, chứng từ trước khi thực hiện thanh toán và hạch toán kế toán.
[3] Kiểm tra lại việc hạch toán trên phần mềm kế toán
Sau khi rà soát hóa đơn, chứng từ gốc, kế toán cần kiểm tra lại việc hạch toán các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trên phần mềm kế toán. Đồng thời, đối chiếu dữ liệu kế toán với hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin điện tử về hóa đơn điện tử để kịp thời phát hiện các trường hợp sai lệch hoặc thiếu sót.
[4] Sắp xếp các báo cáo đã nộp cho cơ quan thuế
Kế toán cần sắp xếp các báo cáo, tờ khai thuế đã nộp theo từng năm và từng kỳ kê khai. Hồ sơ phục vụ thanh tra, kiểm tra thuế có thể bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT theo tháng hoặc quý;
- Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn;
- Hồ sơ khai thuế TNDN tạm nộp theo kỳ;
- Báo cáo tài chính;
- Hồ sơ quyết toán thuế TNDN, TNCN;
- Hồ sơ hoàn thuế và các hồ sơ thuế khác có liên quan.
- Bên cạnh đó, kế toán cần rà soát, sắp xếp và in đầy đủ các loại sổ kế toán theo quy định, đảm bảo số liệu trên sổ sách thống nhất với báo cáo, tờ khai thuế đã nộp.
[5] Sắp xếp các loại hợp đồng
Kế toán cần phân loại và sắp xếp các hợp đồng kinh tế đầu vào, đầu ra theo thứ tự thời gian phát sinh. Đồng thời, kiểm tra các tài liệu liên quan đến từng hợp đồng như biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng, bàn giao hàng hóa, dịch vụ và các biên bản có liên quan.
Ngoài hợp đồng kinh tế, doanh nghiệp cần rà soát các hồ sơ khác như:
- Hợp đồng lao động và phụ lục hợp đồng;
- Hợp đồng giao khoán công việc;
- Quyết định bổ nhiệm, điều chuyển công tác, tăng lương;
- Hồ sơ nhân sự liên quan đến hợp đồng lao động;
- Hợp đồng thuê máy móc, thiết bị;
- Hợp đồng vận chuyển và các hợp đồng dịch vụ thuê ngoài khác.
[6] Kiểm tra sổ phụ ngân hàng
Kế toán cần kiểm tra và chuẩn bị đầy đủ sổ phụ ngân hàng theo từng năm, đồng thời đối chiếu số liệu giao dịch ngân hàng với sổ kế toán và các chứng từ liên quan.
Việc đối chiếu này giúp phát hiện kịp thời các khoản thu, chi, chuyển khoản hoặc giao dịch chưa được ghi nhận đầy đủ trong sổ sách kế toán.
[7] Rà soát và đối chiếu các hồ sơ, số liệu liên quan
Ngoài các hồ sơ, chứng từ và hợp đồng nêu trên, kế toán cần thực hiện rà soát tổng thể dữ liệu kế toán và thuế, bao gồm:
- Đối chiếu số liệu giữa sổ chi tiết và sổ cái các tài khoản;
- Đối chiếu nghiệp vụ kinh tế phát sinh giữa hóa đơn đầu vào, đầu ra và sổ kế toán;
- Rà soát, đối chiếu công nợ khách hàng và nhà cung cấp;
- Kiểm tra các khoản chi phí phải trả;
- Đối chiếu dữ liệu hóa đơn đầu vào, đầu ra với bảng kê khai thuế;
- Kiểm tra, đối chiếu số liệu đầu vào và đầu ra, kịp thời phát hiện chênh lệch;
- Kiểm tra chữ ký, thông tin và tính đầy đủ của hóa đơn, chứng từ;
- Rà soát sự thống nhất giữa hồ sơ kế toán, hồ sơ thuế và dữ liệu đã kê khai với cơ quan thuế.
Việc rà soát toàn bộ hồ sơ, chứng từ và số liệu trước khi làm việc với cơ quan thuế giúp doanh nghiệp chủ động phát hiện sai sót, chuẩn bị tài liệu giải trình và hạn chế các rủi ro phát sinh trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
Một số nội dung cụ thể mà hầu hết các doanh nghiệp thường gặp và phải giải trình khi làm việc với thanh tra thuế:
- Đối chiếu số dư tài khoản 133 với tờ khai thuế GTGT
- Kiểm tra doanh thu trên tài khoản 511 so với tờ khai thuế GTGT
- Đối chiếu số dư tài khoản 3331 với tờ khai thuế GTGT
- Giải trình doanh thu nhưng không có giá vốn
- Giải trình giá vốn cao hơn giá bán
- Làm rõ tình hình thu hồi phế liệu
- Giải trình dư nợ tài khoản 331 (phải trả người bán)
- Giải trình dư có tài khoản 131 (phải thu khách hàng)
- Làm rõ giá trị hàng tồn kho lớn bất thường
- Đối chiếu số dư hàng tồn kho với báo cáo nhập – xuất – tồn
- Kiểm tra số dư tài khoản 242 với sổ theo dõi công cụ dụng cụ (CCDC)
- Giải trình số dư tài khoản 211 và 214 với sổ tài sản cố định (TSCĐ)
Xem thêm: Cách tra nợ thuế doanh nghiệp mới nhất năm 2025
4. Một số quy định về thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp
Thanh tra, kiểm tra thuế là một trong những hoạt động quan trọng mà bất kỳ doanh nghiệp nào cũng có thể gặp phải trong quá trình hoạt động. Tuy nhiên, không phải ai cũng hiểu rõ khi nào sẽ bị kiểm tra, phạm vi ra sao và doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì để tránh rủi ro pháp lý.
4.1 Thời hạn gửi quyết định thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp là khi nào?
Chậm nhất là 3 ngày làm việc từ ngày ký, quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra. Quyết định thanh tra thuế phải công bố trong thời hạn 15 ngày từ ngày ra quyết định.
4.2 Thời hạn thanh tra thuế là bao lâu?
Theo Điều 115 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về thời hạn thanh tra thuế như sau:
- Cuộc thanh tra do Thanh tra Chính phủ tiến hành sẽ không quá 60 ngày; trường hợp phức tạp thì có thể gia hạn một lần không quá 30 ngày; lần thứ 2 gia hạn do trường hợp đặc biệt phức tạp có thể không quá 30 ngày;
- Thời gian thanh tra do Thanh tra Bộ, Thanh tra Tổng cục, Cục Thuế, Thanh tra tỉnh thực hiện tối đa là 45 ngày. Đối với các trường hợp phức tạp, thời gian này có thể được gia hạn một lần, nhưng không vượt quá 30 ngày theo quy định.
- Cuộc thanh tra do Thanh tra sở, Thanh tra huyện tiến hành không quá 30 ngày; trường hợp phức tạp ở biên giới, hải đảo, miền núi, vùng sâu, vùng xa khó khăn trong việc đi lại có thể gia hạn một lần không quá 15 ngày.
4.3 Tần suất thanh tra, kiểm tra thuế doanh nghiệp
Tần suất thanh tra và kiểm tra thuế tại doanh nghiệp phụ thuộc vào nhiều yếu tố và không được quy định cụ thể trong Luật Quản lý thuế. Thông thường, nếu doanh nghiệp hoạt động tuân thủ đúng các quy định và không nằm trong diện có rủi ro cao, cơ quan thuế sẽ không tiến hành thanh tra hoặc kiểm tra quá một lần trong một năm.
Đối với các trường hợp đặc thù như doanh nghiệp chuyển đổi loại hình, sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp. Trong những tình huống này, tần suất kiểm tra cũng được giới hạn không quá một lần trong một năm.
Doanh nghiệp nên chủ động duy trì hồ sơ kế toán minh bạch và tuân thủ đúng các quy định về thuế để giảm thiểu nguy cơ bị thanh tra, kiểm tra thường xuyên.
5. Không chấp hành quyết định thanh tra thuế doanh nghiệp bị xử lý thế nào?
Không chấp hành quyết định thanh tra thuế có thể khiến doanh nghiệp đối mặt với nhiều hậu quả pháp lý nghiêm trọng, nhưng cụ thể mức phạt, biện pháp cưỡng chế hay các rủi ro phát sinh là gì?
Theo khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về ấn định thuế đối với người nộp thuế, có chỉ ra rằng nếu không chấp hành quyết định thanh tra thuế người nộp thuế sẽ bị ấn định thuế.
Việc ấn định thuế là biện pháp cơ quan thuế sử dụng để xác định số thuế phải nộp khi doanh nghiệp không tuân thủ đúng các quy định về khai thuế và nộp thuế. Do đó, để tránh bị ấn định thuế, doanh nghiệp cần tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ về đăng ký, khai báo và nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật.
6.Các câu hỏi thường gặp
6.1 Vì sao doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra thuế?
Doanh nghiệp có thể bị kiểm tra khi thuộc diện có rủi ro về thuế, hồ sơ khai thuế có dấu hiệu bất thường, kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề hoặc theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.
6.2 Doanh nghiệp bị phát hiện sai phạm sau kiểm tra thuế sẽ bị xử lý thế nào?
Tùy mức độ vi phạm, doanh nghiệp có thể phải khai bổ sung, nộp thuế còn thiếu, tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
6.3 Không đồng ý với kết quả kiểm tra thuế thì doanh nghiệp phải làm gì?
Doanh nghiệp có thể giải trình, cung cấp bổ sung hồ sơ, tài liệu và thực hiện quyền khiếu nại theo quy định nếu có căn cứ cho rằng kết quả kiểm tra chưa phù hợ
6.4 Cơ quan thuế thường kiểm tra những nội dung nào tại doanh nghiệp?
Cơ quan thuế thường kiểm tra hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán, doanh thu, chi phí, giao dịch ngân hàng và các nghĩa vụ thuế trong phạm vi kiểm tra.
Nội dung kiểm tra được xác định dựa trên phạm vi và các vấn đề có rủi ro được ghi nhận trong quá trình phân tích hồ sơ, dữ liệu thuế. Tùy từng trường hợp, cơ quan thuế có thể kiểm tra, đối chiếu các nội dung như:
- Hồ sơ khai thuế và các báo cáo đã nộp;
- Doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế phát sinh;
- Hóa đơn điện tử, hóa đơn đầu vào và đầu ra;
- Chứng từ kế toán và sổ sách kế toán;
- Các khoản thu, chi và giao dịch qua ngân hàng;
- Hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế nếu có;
- Giao dịch liên kết và các nội dung liên quan;
- Các tài liệu, thông tin khác nằm trong phạm vi kiểm tra.
Theo Quyết định 1161/QĐ-CT, cơ quan thuế sử dụng dữ liệu trên hệ thống, thông tin quản lý thuế và các nguồn thông tin hợp pháp để phân tích rủi ro, từ đó xác định nội dung và phạm vi kiểm tra.
Trên đây là những thông tin về thanh tra thuế doanh nghiệp. Việc hiểu rõ quy trình và chuẩn bị đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp chủ động tuân thủ pháp luật, hạn chế rủi ro và tối ưu hóa hoạt động kinh doanh. Nếu bạn có nhu cầu thuê kế toán thuế hoặc còn có câu hỏi nào cần thắc mắc về thanh tra thuế doanh nghiệp, đừng ngần ngại liên hệ AZTAX qua số HOTLINE: 0932.383.089 để được giải đáp nhanh chóng và chính xác nhé!
