Hóa đơn của công ty tạm ngừng kinh doanh luôn tiềm ẩn nhiều rủi ro cho doanh nghiệp nếu không được kiểm tra và xử lý đúng cách. Khi phát sinh giao dịch với đơn vị đang tạm dừng hoạt động, doanh nghiệp có thể vô tình sử dụng hóa đơn không hợp pháp, ảnh hưởng trực tiếp đến việc kê khai và quyết toán thuế. Để tránh các hệ lụy liên quan đến pháp lý và tài chính, việc nắm rõ cách nhận diện cũng như xử lý hóa đơn trong trường hợp này là vô cùng cần thiết. Hãy cùng AZTAX tìm hiểu chi tiết quy trình kiểm tra và hướng xử lý an toàn trong bài viết dưới đây.
1. Công ty tạm ngừng kinh doanh có được xuất hoá đơn không?
Theo khoản 3 Điều 206 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định về việc tạm ngừng, đình chỉ hoạt động và chấm dứt kinh doanh của doanh nghiệp:
Điều 206. Tạm ngừng, đình chỉ hoạt động, chấm dứt kinh doanh
3. Trong thời gian tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp còn nợ; tiếp tục thanh toán các khoản nợ, hoàn thành việc thực hiện hợp đồng đã ký với khách hàng và người lao động, trừ trường hợp doanh nghiệp, chủ nợ, khách hàng và người lao động có thỏa thuận khác.

Ngoài ra, căn cứ khoản 2 Điều 4 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định như sau: Trong thời gian tạm ngừng hoạt động, người nộp thuế không được phép sử dụng hóa đơn và cũng không phải nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn. Trường hợp được cơ quan thuế chấp thuận cho sử dụng hóa đơn theo quy định, doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ việc khai thuế và nộp báo cáo sử dụng hóa đơn.
Từ quy định trên có thể thấy, doanh nghiệp đang trong thời gian tạm ngừng kinh doanh không được tiến hành bất kỳ giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ nào và cũng không được lập hay xuất hóa đơn điện tử. Nếu doanh nghiệp phát sinh nhu cầu xuất hóa đơn để hoàn tất các hợp đồng đã ký trước thời điểm tạm ngừng, thì phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 13 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, căn cứ khoản 4 Điều 16 của cùng nghị định.
2. Hướng dẫn xử lý hoá đơn của công ty đang tạm ngừng kinh doanh
Khi doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh, việc xử lý hóa đơn cần được thực hiện đúng quy định để tránh vi phạm. Nội dung sau sẽ hướng dẫn cách xử lý hóa đơn trong thời gian tạm ngừng hoạt động.

Tổng cục Thuế đã nêu rõ cách xử lý hóa đơn trong thời gian doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động tại Công văn 11797/BTC-TCT, với hai tình huống cụ thể như sau:
Doanh nghiệp, tổ chức chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan Thuế sẽ gửi thông báo bằng văn bản yêu cầu doanh nghiệp tạm dừng việc kê khai khấu trừ đối với những hóa đơn có dấu hiệu vi phạm, chờ kết luận chính thức từ cơ quan chức năng. Người nộp thuế chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu sai phạm.
Doanh nghiệp, tổ chức đã thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan Thuế sẽ thông báo để doanh nghiệp điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã kê khai khấu trừ. Nếu doanh nghiệp khẳng định việc mua bán và sử dụng hóa đơn GTGT đầu vào là hợp pháp, doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm theo quy định pháp luật. Trong trường hợp này, cơ quan Thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp để làm rõ và xử lý theo quy định.
Trong quá trình thanh, kiểm tra, cơ quan Thuế sẽ xác minh và đối chiếu thông tin với các đơn vị có giao dịch liên quan, tập trung vào các nội dung:
- Xác minh hàng hóa: hợp đồng mua bán (nếu có), cách thức giao nhận, địa điểm giao – nhận, phương tiện và chi phí vận chuyển, nguồn gốc và chủ sở hữu hàng hóa trước thời điểm giao nhận;
- Xác minh thanh toán: ngân hàng sử dụng cho giao dịch, bên nộp tiền, số tiền chuyển khoản, hình thức thanh toán và chứng từ liên quan;
- Xác minh hàng hóa xuất khẩu: tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, vận đơn (nếu phát sinh).
3. Công ty tạm ngừng kinh doanh thì phải thông báo đến cơ quan nào
Khi doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh, một trong những yêu cầu bắt buộc để đảm bảo tính pháp lý là phải thông báo đến cơ quan có thẩm quyền. Theo quy định, chủ doanh nghiệp phải gửi Thông báo tạm ngừng hoạt động đến Phòng Đăng ký kinh doanh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở.

Dựa trên quy định tại Điều 66 Nghị định 01/2021/NĐ-CP về việc đăng ký tạm ngừng kinh doanh và tiếp tục hoạt động trước thời hạn đã thông báo đối với doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh:
Điều 66. Đăng ký tạm ngừng kinh doanh, tiếp tục kinh doanh trước thời hạn đã thông báo đối với doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh
- Trường hợp doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh tạm ngừng kinh doanh hoặc tiếp tục kinh doanh trước thời hạn đã thông báo, doanh nghiệp gửi thông báo đến Phòng Đăng ký kinh doanh nơi doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh đặt trụ sở chậm nhất 03 ngày làm việc trước ngày tạm ngừng kinh doanh hoặc tiếp tục kinh doanh trước thời hạn đã thông báo. Trường hợp doanh nghiệp, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh có nhu cầu tiếp tục tạm ngừng kinh doanh sau khi hết thời hạn đã thông báo thì phải thông báo cho Phòng Đăng ký kinh doanh chậm nhất 03 ngày làm việc trước ngày tiếp tục tạm ngừng kinh doanh. Thời hạn tạm ngừng kinh doanh của mỗi lần thông báo không được quá một năm.
- Trường hợp doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh, kèm theo thông báo phải có nghị quyết, quyết định và bản sao biên bản họp của Hội đồng thành viên đối với công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên, công ty hợp danh, của Hội đồng quản trị đối với công ty cổ phần; nghị quyết, quyết định của chủ sở hữu công ty đối với công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên về việc tạm ngừng kinh doanh.
…
Như vậy, khi doanh nghiệp muốn tạm ngừng hoạt động, phải gửi thông báo đến Phòng Đăng ký kinh doanh nơi đặt trụ sở tối thiểu 03 ngày làm việc trước thời điểm bắt đầu tạm ngừng.
Nếu doanh nghiệp muốn kéo dài thời gian tạm ngừng sau khi hết hạn đã thông báo trước đó, thì cũng phải nộp thông báo mới cho Phòng Đăng ký kinh doanh muộn nhất 03 ngày làm việc trước ngày tiếp tục tạm ngừng.
Ngoài ra, mỗi lần thông báo tạm ngừng kinh doanh chỉ được phép có thời hạn tối đa là 01 năm.
4. Hướng dẫn xử lý hóa đơn của công ty đang tạm ngừng kinh doanh theo quy định hiện hành?
Khi doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh, việc xử lý hóa đơn phải tuân thủ quy định pháp luật hiện hành để đảm bảo hợp pháp và tránh rủi ro về thuế. Nội dung sau sẽ hướng dẫn cách điều chỉnh và hủy hóa đơn trong giai đoạn này.

Hướng dẫn về cách xử lý hóa đơn trong thời gian doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động được nêu tại Công văn 11797/BTC-TCT năm 2014, với nội dung tóm lược như sau:
(1) Doanh nghiệp, tổ chức chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan Thuế sẽ gửi văn bản thông báo yêu cầu doanh nghiệp tạm dừng việc kê khai khấu trừ đối với những hóa đơn có dấu hiệu vi phạm, đồng thời chờ kết luận chính thức từ cơ quan chức năng. Người nộp thuế chỉ được phép kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu sai phạm.
(2) Doanh nghiệp, tổ chức đã thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan Thuế sẽ thông báo để doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ. Nếu doanh nghiệp khẳng định rằng giao dịch mua bán và hóa đơn GTGT đầu vào là hợp pháp, doanh nghiệp phải làm cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật. Sau đó, cơ quan Thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp để xác minh và xử lý theo quy định.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra, cơ quan Thuế sẽ làm rõ các nội dung liên quan thông qua việc đối chiếu với đơn vị có giao dịch, bao gồm:
- Xác minh hàng hóa: hợp đồng mua bán (nếu có), phương thức và địa điểm giao nhận, phương tiện vận chuyển, chi phí liên quan, chủ sở hữu và nguồn gốc hàng hóa trước khi giao nhận;
- Xác minh thanh toán: ngân hàng sử dụng cho giao dịch, người nộp tiền vào tài khoản, số tiền giao dịch, hình thức thanh toán và chứng từ kèm theo;
- Xác minh xuất khẩu: tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và vận đơn (nếu phát sinh).
Các nội dung trên giúp làm rõ tính hợp pháp của hóa đơn và đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định trong giai đoạn tạm ngừng kinh doanh.
5. Những lưu ý khi doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động kinh doanh
Theo khoản 1 Điều 66 Nghị định 01/2021/NĐ-CP, doanh nghiệp khi tạm ngừng kinh doanh phải gửi thông báo tối thiểu 03 ngày trước ngày bắt đầu tạm ngừng. Mỗi lần tạm ngừng không được kéo dài quá 01 năm và không giới hạn số lần tạm ngừng liên tiếp.

Trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp không phải nộp các báo cáo thuế định kỳ. Tuy nhiên, nếu việc tạm ngừng không diễn ra trong tháng, quý, năm dương lịch hoặc năm tài chính, doanh nghiệp vẫn phải nộp hồ sơ khai thuế tháng, quý, nhưng không phải nộp hồ sơ quyết toán năm, theo quy định tại khoản 2 Điều 4 Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
Việc thông báo tạm ngừng chỉ cần gửi đến cơ quan đăng ký kinh doanh; cơ quan này sẽ tự động chuyển thông tin sang cơ quan Thuế mà doanh nghiệp không cần thực hiện thêm thủ tục nào (khoản 1 Điều 4 và khoản 1 Điều 26 Nghị định 126).
Nếu người nộp thuế thông báo tạm ngừng trước ngày 30/1, doanh nghiệp sẽ không phải nộp lệ phí môn bài cho năm tạm ngừng nếu chưa nộp. Trong trường hợp đã nộp lệ phí môn bài, doanh nghiệp sẽ không được hoàn lại, theo khoản 5 Điều 4 Nghị định 139/2016/NĐ-CP, sửa đổi bởi điểm c khoản 2 Điều 1 Nghị định 22/2020/NĐ-CP.
6. Cách tra cứu doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động kinh doanh
Trước khi tiến hành xử lý hóa đơn, doanh nghiệp cần xác định rõ trạng thái hoạt động của mình. Việc tra cứu thông tin doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh giúp đảm bảo các bước lập, điều chỉnh và hủy hóa đơn được thực hiện đúng quy định pháp luật.
Hướng dẫn tra cứu doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động kinh doanhĐể kiểm tra một doanh nghiệp, tổ chức hay công ty có đang trong thời gian tạm ngừng kinh doanh hay không, bạn có thể thực hiện tra cứu trên 3 cổng thông tin sau:
Cách 1: Kiểm tra trên website của Tổng cục Thuế
- Bước 1: Truy cập vào trang: https://tracuuhoadon.gdt.gov.vn/hgtsdtc.html
- Bước 2: Chọn mục “Thông báo” → chọn “Chỉ hết giá trị sử dụng” → “Hóa đơn” → “Tổ chức, cá nhân”
- Bước 3: Nhập đầy đủ các thông tin bắt buộc (dấu *) rồi nhấn Tìm kiếm để hiển thị kết quả.
Cách 2: Kiểm tra tại hệ thống tra cứu người nộp thuế của Tổng cục Thuế
- Bước 1: Truy cập đường dẫn: http://tracuunnt.gdt.gov.vn/tcnnt/mstdn.jsp
- Bước 2: Tại giao diện “Thông tin người nộp thuế”, nhập một trong các dữ liệu sau:
- Mã số thuế
- Tên tổ chức hoặc người nộp thuế
- Địa chỉ trụ sở
- Số CCCD của người đại diện pháp luật
Sau đó điền mã xác thực (bắt buộc).
- Bước 3: Nhấn Tra cứu, hệ thống sẽ hiển thị thông tin tình trạng hoạt động của doanh nghiệp.
Cách 3: Tra cứu trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp
- Bước 1: Truy cập: https://dangkykinhdoanh.gov.vn/vn/Pages/Trangchu.aspx
- Bước 2: Nhập mã số thuế của doanh nghiệp cần kiểm tra vào ô tìm kiếm.
- Bước 3: Kết quả chi tiết về tình trạng hoạt động sẽ được hiển thị trên màn hình.
Việc tuân thủ đúng quy định về hóa đơn của công ty tạm ngừng kinh doanh không chỉ giúp doanh nghiệp tránh các sai phạm không đáng có mà còn đảm bảo tính minh bạch trong suốt thời gian ngừng hoạt động. Khi quản lý hóa đơn đúng cách và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ liên quan, doanh nghiệp sẽ duy trì được sự ổn định pháp lý, tạo nền tảng thuận lợi để tiếp tục hoạt động hiệu quả khi quay trở lại thị trường. Nếu doanh nghiệp bạn còn thắc mắc hãy liên hệ ngay với AZTAX dểd được giải đáp nhé!












