Hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp là nội dung quan trọng mà doanh nghiệp cần nắm rõ để bảo vệ quyền lợi tài chính của mình, nhất là khi phát sinh số thuế nộp thừa hoặc đủ điều kiện được hoàn theo chính sách ưu đãi. Việc hiểu đúng các quy định và thực hiện đúng thủ tục hoàn thuế không chỉ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý mà còn tối ưu chi phí hoạt động. Trong bài viết dưới đây, AZTAX sẽ chia sẻ chi tiết về các điều kiện, hồ sơ cần thiết và quy trình hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp mới nhất, hỗ trợ doanh nghiệp dễ dàng thực hiện theo đúng quy định.
1. Khi nào được hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp
1.1 Khi nào được hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp?
Theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp cùng các văn bản hướng dẫn liên quan (Nghị định, Thông tư), doanh nghiệp có thể được hoàn thuế TNDN trong các trường hợp sau:
- Nộp thuế vượt mức so với nghĩa vụ thực tế: Khi số thuế TNDN đã nộp cao hơn số thuế phải nộp sau khi quyết toán kỳ thuế.
- Bù lỗ từ các kỳ trước: Doanh nghiệp có khoản lỗ từ các năm trước được phép chuyển sang để khấu trừ vào thu nhập chịu thuế, dẫn đến phát sinh số thuế nộp thừa.
- Hưởng ưu đãi thuế theo luật định: Doanh nghiệp thuộc đối tượng được miễn hoặc giảm thuế TNDN nhưng đã nộp thuế trước đó, sẽ được hoàn lại phần thuế tương ứng.
- Quyết định từ cơ quan chức năng: Một số trường hợp đặc thù được cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền phê duyệt hoàn thuế.
1.2 Điều kiện được hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp
Doanh nghiệp có thể được hoàn thuế TNDN trong một số tình huống phổ biến sau:
- Nộp thuế vượt mức quy định: Trong quá trình kê khai và đóng thuế TNDN, doanh nghiệp có thể vô tình nộp nhiều hơn số thuế thực tế phải trả. Khi đó, doanh nghiệp có quyền đề nghị cơ quan thuế hoàn lại khoản tiền thừa này.
- Phát hiện nộp thừa sau quyết toán cuối năm: Khi tiến hành kiểm tra và quyết toán thuế vào cuối kỳ, nếu số thuế đã nộp cao hơn nghĩa vụ thuế thực tế, doanh nghiệp được phép yêu cầu hoàn trả phần chênh lệch.
- Ngừng hoạt động kinh doanh: Trường hợp doanh nghiệp giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, sau khi hoàn tất các nghĩa vụ thuế, nếu vẫn còn số thuế đã nộp dư thừa, doanh nghiệp có thể nộp đơn xin hoàn lại.
- Hưởng ưu đãi miễn giảm sau khi đã nộp thuế: Nếu doanh nghiệp thuộc diện được Nhà nước áp dụng chính sách miễn, giảm thuế TNDN nhưng trước đó đã đóng thuế, doanh nghiệp có thể đề xuất hoàn lại số tiền tương ứng.
2. Các trường hợp hoàn thuế với các loại thuế
2.1 Thuế giá trị gia tăng
Theo quy định tại Thông tư 130/2016/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung Thông tư 219/2013/TT-BTC), các doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ khi nộp thuế GTGT sẽ được xét hoàn thuế trong các tình huống cụ thể nếu số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết trong kỳ khai báo (tháng hoặc quý), với điều kiện đáp ứng đầy đủ yêu cầu pháp lý. Cụ thể:
2.1.1 Doanh nghiệp thành lập mới từ hoạt động đầu tư
Doanh nghiệp mới thành lập hoặc dự án đang trong giai đoạn đầu tư (bao gồm cả các hoạt động khảo sát, tìm kiếm, phát triển mỏ dầu khí) được hoàn thuế GTGT nếu tổng số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ đầu tư đạt từ 300 triệu đồng trở lên. Kèm theo đó, cần thỏa mãn các điều kiện sau:
- Đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh;
- Đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT;
- Thời gian đầu tư tối thiểu là 12 tháng;
Tuy nhiên, sẽ không được hoàn thuế trong các trường hợp như: doanh nghiệp không góp đủ vốn điều lệ, hoạt động trong ngành kinh doanh có điều kiện nhưng không đảm bảo điều kiện trong quá trình triển khai, hoặc dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản được phê duyệt từ 01/7/2016 có tỷ lệ tài nguyên cộng chi phí năng lượng vượt quá 51% giá thành sản phẩm.
2.1.2 Dự án đầu tư đang triển khai
Các dự án đầu tư thuộc doanh nghiệp đang hoạt động, đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và thực hiện kê khai riêng cho hoạt động đầu tư sẽ được xem xét hoàn thuế nếu số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết đạt từ 300 triệu đồng trở lên. Nếu dự án cùng tỉnh thì được kết chuyển sang hoạt động SXKD đang thực hiện. Trường hợp dự án đầu tư ở tỉnh khác, chưa đăng ký kinh doanh hoặc mã số thuế, thì phải đang trong giai đoạn đầu tư mới được hoàn thuế.
Lưu ý, quy định này không áp dụng cho các dự án xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê nếu không hình thành tài sản cố định.
2.1.3 Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu sẽ được hoàn thuế GTGT nếu tổng thuế đầu vào chưa được khấu trừ đạt ngưỡng tối thiểu 300 triệu đồng trong kỳ khai báo. Nếu chưa đủ ngưỡng này, phần thuế sẽ được chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ.
Nếu doanh nghiệp vừa bán trong nước vừa xuất khẩu thì cần tách bạch phần thuế đầu vào của hoạt động xuất khẩu. Trường hợp không tách được, thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu trong các kỳ tính thuế từ kỳ hoàn thuế trước đến kỳ hiện tại.
2.1.4 Trường hợp thay đổi tổ chức (sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động)
Doanh nghiệp trong giai đoạn này sẽ được xem xét hoàn số thuế GTGT nộp thừa hoặc chưa được khấu trừ. Nếu chưa phát sinh doanh thu chịu thuế mà đã giải thể hay phá sản thì không cần điều chỉnh lại số thuế đã kê khai hoặc hoàn. Tuy nhiên, doanh nghiệp có nghĩa vụ thông báo kịp thời với cơ quan thuế.
Việc hoàn thuế không được chấp nhận sau khi thủ tục chấm dứt hoạt động đã hoàn tất. Trường hợp có bán tài sản chịu thuế, doanh nghiệp không phải điều chỉnh thuế GTGT đầu vào tương ứng.
2.1.5 Dự án sử dụng vốn ODA hoặc nguồn viện trợ
Các tổ chức, cơ quan thực hiện chương trình sử dụng vốn ODA không hoàn lại hoặc nhận viện trợ nhân đạo từ tổ chức nước ngoài sẽ được hoàn lại phần thuế GTGT đã chi trả cho hàng hóa, dịch vụ phục vụ trực tiếp cho chương trình, dự án trên lãnh thổ Việt Nam.
Hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu là quyền lợi quan trọng của doanh nghiệp khi phát sinh các tình huống đặc biệt trong hoạt động thương mại quốc tế. Dưới đây là các trường hợp được hoàn thuế theo Khoản 1 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 và Nghị định 134/2016/NĐ-CP mà công ty, doanh nghiệp cần nắm rõ:
2.2 Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu
2.2.1 Hoàn thuế xuất khẩu với hàng hóa tái nhập về Việt Nam
- Hàng hóa đã được nộp thuế xuất khẩu và gửi đi nước ngoài qua dịch vụ bưu chính hoặc chuyển phát nhanh.
- Tuy nhiên, do không giao được cho người nhận, hàng hóa buộc phải nhập trở lại Việt Nam.
- Đối với trường hợp này, doanh nghiệp sẽ được hoàn lại thuế xuất khẩu đã nộp và không phải đóng thuế nhập khẩu cho lô hàng tái nhập.
2.2.2 Hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái xuất
Doanh nghiệp được hoàn thuế nhập khẩu và không cần nộp thuế xuất khẩu nếu hàng hóa nhập khẩu rơi vào các trường hợp sau:
Tái xuất sang nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan
- Hàng hóa đã nhập khẩu nhưng sau đó phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan để phục vụ hoạt động trong khu đó.
- Việc tái xuất có thể do chính người nhập khẩu thực hiện hoặc do người được ủy quyền hợp pháp.
Không giao được hàng hóa do bên nhận từ chối
- Hàng hóa do tổ chức, cá nhân nước ngoài gửi về Việt Nam qua dịch vụ vận chuyển, nhưng không thể giao được cho người nhận.
- Trường hợp này, nếu doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu thì sẽ được xem xét hoàn lại khi tái xuất hàng ra nước ngoài.
Bán hàng cho phương tiện quốc tế
- Hàng hóa sau khi nhập khẩu được bán trực tiếp cho các phương tiện vận tải của hãng nước ngoài đi qua cảng Việt Nam hoặc cho phương tiện Việt Nam hoạt động trên tuyến quốc tế.
Hàng hóa chưa thông quan, còn lưu kho
- Hàng nhập khẩu đã đóng thuế nhưng vẫn đang được lưu giữ tại kho, bãi thuộc khu vực cửa khẩu và dưới sự giám sát của hải quan.
- Nếu hàng chưa được thông quan và được tái xuất nguyên trạng thì vẫn thỏa mãn điều kiện để hoàn thuế.
3. Hồ sơ hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp
Để quy trình hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp diễn ra thuận lợi, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế đầy đủ theo quy định tại Khoản 2, Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC, bao gồm các giấy tờ sau:
- Văn bản đề nghị xử lý số thuế nộp thừa (Mẫu 01/DNXLNT): Ghi rõ thông tin doanh nghiệp, số thuế nộp thừa, kỳ tính thuế, lý do và cam kết chính xác.
- Văn bản ủy quyền (nếu có): Xác định người được ủy quyền, nội dung ủy quyền, có chữ ký và dấu hợp lệ.
- Tờ khai quyết toán thuế TNDN: Phản ánh số liệu kỳ tính thuế liên quan, đã nộp đúng hạn và khớp với đề nghị hoàn.
- Chứng từ nộp thuế: Giấy nộp tiền, phiếu thu chứng minh số thuế đã nộp, đảm bảo khớp số liệu kê khai.
- Báo cáo tài chính đã kiểm toán: Bao gồm kết quả kinh doanh, bảng cân đối, lưu chuyển tiền tệ, thuyết minh, áp dụng cho doanh nghiệp lớn.
- Biên bản kiểm tra thuế (nếu có): Ghi nhận kết quả kiểm tra, điều chỉnh (nếu có), chứng minh tuân thủ quy định thuế.
4. Thủ tục hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp
4.1 Quy trình gửi đề nghị hoàn thuế
Doanh nghiệp muốn được hoàn thuế TNDN cần thực hiện theo các bước sau:
- Chuẩn bị hồ sơ: Bao gồm đơn đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/DNXLNT), tờ khai quyết toán thuế TNDN, chứng từ chứng minh số thuế đã nộp, báo cáo tài chính kiểm toán và các tài liệu liên quan (nếu có).
- Nộp hồ sơ: Gửi trực tuyến qua hệ thống thuế điện tử (thuedientu.gdt.gov.vn) hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý.
- Theo dõi quá trình xử lý: Kiểm tra trạng thái hồ sơ trên hệ thống thuế điện tử hoặc liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế để cập nhật tiến độ.
4.2 Địa điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNDN
Doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ tại:
- Cơ quan thuế trực tiếp quản lý: Thường là Chi cục Thuế hoặc Cục Thuế nơi doanh nghiệp đăng ký mã số thuế, tùy theo quy mô hoạt động.
- Hình thức nộp: Khuyến khích sử dụng hệ thống thuế điện tử để tiết kiệm thời gian, hoặc nộp hồ sơ giấy tại bộ phận một cửa của cơ quan thuế.
4.3 Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp
Thời gian giải quyết tùy thuộc vào phương thức kiểm tra của cơ quan thuế:
- Hoàn trước – Kiểm tra sau: Tối đa 15 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
- Kiểm tra trước – Hoàn sau: Tối đa 60 ngày làm việc, áp dụng với các trường hợp cần xác minh chi tiết hơn.
- Quá hạn giải quyết: Nếu cơ quan thuế chậm xử lý, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo quy định.
4.4 Hình thức nhận hoàn tiền thuế TNDN
Hệ thống sẽ tự động chuyển số tiền hoàn thuế TNDN vào tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp, dựa trên số thuế mã số nhất sau khi hoàn tất các thủ tục cần thiết và nhận được quyết định hoàn thuế từ cơ quan.
5. Những lưu ý quan trọng khi hoàn thuế TNDN
- Đối soát dữ liệu cẩn thận: Kiểm tra sự khớp nhau giữa tờ khai quyết toán thuế và chứng từ nộp thuế để tránh sai sót.
- Tuân thủ thời hạn nộp hồ sơ: Hồ sơ phải được gửi trong vòng 10 năm kể từ thời điểm phát sinh số thuế nộp thừa.
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ: Doanh nghiệp nên giữ bản sao hồ sơ đã nộp để phục vụ đối chiếu khi cần.
- Chủ động phối hợp với cơ quan thuế: Sẵn sàng bổ sung thông tin hoặc giải trình nếu được yêu cầu.
Tóm lại, việc hiểu rõ quy trình hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp tối ưu dòng tiền, tận dụng tốt chính sách thuế và đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật. Đừng để những thủ tục phức tạp cản trở hoạt động kinh doanh của bạn! Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết về hồ sơ, điều kiện hoặc quy trình hoàn thuế TNDN, hãy liên hệ ngay với AZTAX qua HOTLINE: 0932 383 089 để được tư vấn nhanh chóng và chính xác nhé!
